pKa d'un peptide

[Thalia]

Rebonjour, hey oui encore moi

Je sais que le prof n'a pas beaucoup porté d'importance à l'histoire des pKa mais le problème n'ayant pas de Prépa, je ne sais pas du tout comment faire pour calculer la pKa d'un peptide, alors que ceux des acides aminés je l'ai compris..
Si je pourai le voir à travers un exemple je crois bien que cela m'aiderai

Merci d'avance pour les réponses

[Fraancky]

Ca sera expliqué pendant le tutorat, en fait il faut utiliser la méthode des bols ! Tu verras c'est plutôt simple donc t'inquiète pas trop ^^ Et puis si un tuteur peut te l'expliquer sur le forum tant mieux

[Thalia]

Mais enfaite je l'ai compris la méthode des bols pour ce qui est des acides aminés chargés (histidine, lysine, arginine, Aspartate et glutamate ). Mais pour le mot W-I-N-D-O-W-S trouver son pKa ????

Bon ben au pire j'attendrai les séances de Tutorat avec impatience alors

[Fraancky]

En fait tous les aa ne possèdent pas de chaine latérale ionisable ! Les aa qui ont une chaine latérale ionisable sont les aa polaires et chargés (D, E, K, R, H) et Y et C. Dans le cas de WINDOWS il y a uniquement le D (asparate) qui possède une chaine latérale ionisable avec en plus le N term et le C term qui sont tous les 2 ionisables !!

Donc pour WINDOWS on a 3 fonctions ionisables, tu fais donc 3 bols, tu écris le pka de la fonction ionisable sous chaque bols et tu écris la charge globale qui décroit au fur et a mesure que le pH augmente, puis tu peux determiner le ph isolélectrique par exemple !

C'est un peu dur a expliquer sur l'ordi ^^ enfin j'espere que je t'ai un peu éclairé !!

[Thalia]

ohhh merci de m'expliquer:

Donc vu que l'asparigine est chargé négativement je commence par mettre -1;0;1;2 et en dessous ou il y a les bols forcément je met 2; 4; 9 donc mon pHi = (2+4)/2 = 3?

Et si on serai tombé sur un acide aminé chargé positivement j'aurai commencer par écrire +2 jusqu'a -1 ?
non ?

[Fraancky]

Oui voila c'est ça sauf que c'est pas un asparagine -> N mais un aspartate -> D.

Par contre la charge globale de ton peptide depend des aa qui s'y trouvent ! Si on a le peptide DDD alors on a 3 aspartates alors la charge globale du peptide est -1-1-1-1+1=-3 ! -3U-2U-1U0 Voila !!

[Thalia]

Ahh oki daccord merci