(Confirmé) [enzymo] dilution diapo 77 - petite erreur :)

[daphné]

bonsoir!

il me semble qu'il y a une erreur diapo 77, sur la courbe de gauche:

ça devrait être [P] en ordonnée, et non Vr
comme ça on a bien:
. E1 la plus diluée: toujours saturée en substrat, donc toujours en Vi (courbe toujours confondue avec l'asymptote à l'origine)
. E3 la moins diluée: en Vi au début, puis décroche, puis équilibre (palier sur la courbe puisque [P] = cste, donc Vr = d[P]/dt = 0)
ce qui concorde avec la courbe de droite (qui elle est bien juste)


voilà, plus qu'à attendre une confirmation tutoresque post-WEI
(parce que plus que deux erreurs à trouver et on aura une BD!!)

merci d'avance

[ÅLEX]

Salut
Vr=K2x [ES]

Je sais pas moi j'aurais tendance a dire que ce qui est représenté pendant l'ascension de la courbe c'est l'étape ou il y a formation du complexe ES du coup on trouve des enzymes sur la forme libre.
Après quand on peux tracer l'asymptote au niveau de E3 et E2 on est en cinétique d'ordre 0. Vr=K2x [ES]
Donc je suis d'accord avec les explication du prof pour dire que
[E2] < [E3] donc E2 est plus dilué que E3

Après pour E1 c'est bizarre je sais pas trop comment l'expliquer...

[daphné]

salut!

l'explication du prof est bonne, et la ronéo est juste!

. "l'ascension de la pente", c'est-à-dire la partie linéaire, c'est l'état stationnaire
on est parallèle (même confondu) à l'asymptote à l'origine, donc on est vitesse initiale (maximale)
. après pour E2 et E3 à un moment on décroche: on passe en-dessous de l'asymptote, on est en post-stationnaire
. puis on atteint un palier = équilibre, où la vitesse de réaction est nulle

donc ça ne peut pas être la vitesse en ordonnée, mais la concentration en produit
et comme Vr = d [P] / dt, on retrouve bien tout ce que j'ai dit au-dessus:
. [P] croît de manière linéaire => V = constante = Vi (stationnaire)
. [P] croît un peu moins vite => V diminue (post-stationnaire)
. [P] est constante => V est nulle (équilibre)


x E1: la + diluée => la moins concentrée
. toujours saturée entièrement par le substrat
. donc toujours en vitesse initiale (maximale)

x E2: un peu - diluée => un peu + concentrée
. au début: saturée entièrement par le substrat, donc en vitesse initiale (maximale)
. puis à mesure que le substrat se transforme en produit, il n'y en a plus assez pour saturer toute l'enzyme => on décroche, on passe en-dessous de l'asymptote, on n'est plus en vitesse initiale (maximale) mais à une vitesse inférieure

x E3: encore - diluée => encore + concentrée
. au début: saturée entièrement par le substrat, donc en vitesse initiale (maximale)
. on décroche + tôt que E2
. on atteint + rapidement l'équilibre


tout ça est confirmé par la courbe de droite diapo 77: Vr en fonction de [E]
pour une même quantité de substrat:

x [E] = E1: on est sur une partie de la courbe confondue avec l'asymptote
. on est en Vi
. toute l'enzyme est saturée par le substrat

x [E] = E2: on est à la limite du décrochage
. en gros on a la quantité limite de substrat qui sature toute l'enzyme

x [E] = E3: on est sur une partie de la courbe qui a décroché
. il n'y a pas assez de substrat pour saturer toute l'enzyme



voilà comment je vois les choses

[Alistair]

Slt Daphné, je suis d'accord avec toi ! Tellement d'accord que j'ai toujours lu inconsciemment [P] en ordonnée et pas [Vr] ^^

En effet :
-E1 est très diluée : saturation de l'enzyme = phase stationnaire est est à Vr = Vm = constante : le produit est formée de manière constante en fonction de la valeur de k2 et de ES
-E2 plus diluée : on est d'abord en phase stationnaire puis on arrive à l'état post-stationnaire la production de produit n'est plus linaire, puis on arrive à l'équilibre ou la quantité de produit est stable (dG=0)
- E3 encore plus diluée : comme E2 mais le processus est plus rapide

Je ne pense pas que ce soit la phase de formation du complexe ES qui soit représentée (pré-stationnaire) pour au moins 3 raisons :
- elle est trop rapide... On ne l'étudie pas, ça n'a pas bcp d'intéret en biochimie
- la formation de ES en phase pré-stationnaire n'est pas linéaire, on n'aurait pas de droite
- l'enzyme E1 étant très diluée, la Vm serait atteinte en premier (avant E2 et E3)... Or ici c'est l'inverse !

Voilà ! On va en toucher un mot au prof

[daphné]

merci pour la confirmation

[ÅLEX]

Je ne suis pas trop convaincu ...
Enfin je suis d'accord avec votre raisonnement mais avec Vr ça marche aussi selon moi.
Le seul truc c'est que E1 n'est pas d'asymptote...

[Alistair]

En fait ce qui me gêne le plus c'est que pour une quantité d'enzyme donné (Ex : E3) la vitesse ne varie pas en fonction du temps pdt l'état stationnaire ! Elle est censé entre constante !
La vitesse va augmenter pdt la phase pré-stationnaire mais on n'est pas en ordre 0 donc on n'est pas censé obtenir une droite.
La vitesse en phase post-stationnaire va chuter pour atteindre 0 ^^

Donc effectivement je pense c'est une erreur, on va lui en parler quand on le voit (bientôt) !

[ÅLEX]

Non mais moi ce que je dis c'est que la variation de vitesse c'est du à l'association du complexe ES tu vois ce que je veux dire ?

[Alistair]

Oui oui je vois j'y est pensé avant de répondre mais le problème est le suivant : ça revient à dire que c'est la phase pré-stationnaire qui est représentée (formation du complexe ES)... Ca voudrait dire que tu as :
- d'abord une augmentation de la vitesse en fonction du temps
- puis une stabilisation de la vitesse lorsque toutes les molécules d'enzyme sont saturées...

Le problème est que la vitesse de réaction pdt la phase pré-stationnaire n'est pas une droite ^^
car V = K2 X ES, sauf que ES augmente en permanence : le complexe de forme ! Tu es en odre 1 (au moins)

L'autre problème est que l'on voit que E1 est la plus diluée donc elle devrait, pour une même quantité de substrat, être la première être saturée (avant E2 et E3 qui sont en quantité plus grande). La droite devrait s'infléchir en premier, or elle s'infléchie en dernier ...

du coup, ça ne me parait pas valide comme hypothèse. L'erreur est plus probable, on va lui en parler

[ÅLEX]

Hum...
POur moi quand tu as ton substrat sature toute ton enzyme tu passe en cinétique 0 tu aura donc l'asymptote.
J'avoue que le cas de E1 est embêtant c'est qu'elle a pas d'asymptote par contre après au niveau de la courbe en soit elle est pas spécialement fausse car le coeff directeur est plus faible que pour E1 et E2.

Bref comme tu l'as dis attendons Super Guidi!

[Alistair]

Oui je suis d'accord avec toi sur l'ordre 0 (phase stationnaire) ^^ mais pdt la phase de formation du complexe ES, l'enzyme n'est pas saturée ! On n'est pas en ordre 0 !

Mais le principal argument est que si on représentait sur la courbe de gauche la phase de formation du complexe ES : la solution contenant [E1] serait la première solution à atteindre le pallier de Vmax puisque [E1] est très faible donc très vite saturée ^^ E2 atteindrait le pallier juste après et E3 en dernier... Or ce n'est pas le cas ^^ c'est l'inverse qui est représenté : E1 reste linéaire sur tout le graphique !

Il ne faut pas raisonner en terme d'asymptote ^^ l'asymptote n'est là que pour mettre en évidence le décrochage de la droite (elle se courbe). On peut tracer l'asymptote de E1, elle ser ajuste confondue avec E1, puis elle s'en dissociera si la droite de E1 s'infléchie.