AG synthase / ACP

[Johanne]

J'ai quelques petites question pour savoir si en terme de chronologie quant à l'activité de enzymes de l'AG synthase je suis OK...


1. En premier on a la carboxylation de l’acétyl coA en malonylcoA avec conso d’ un ATP et par l’action de l’acétylcoA carboxylase
2. Ensuite, à partir d’un acétyl-coA, l’Enzyme II du complexe 1 : l’acétyl coA ACP transcylase permet la fixation de l’Acétyl par l’ACP (en position 7 du monomère) qui fixe ensuite l’acétyl sur l’Enzyme I. L'ACP est donc libre
3. L’Enzyme III : malonycoA ACP transcylase permet la fixation du malonyl à l’ACP
4. L’enzyme I : béta-cétoacyl synthase permet la condensation des 2 derniers C du malonyl (en partant de l'ACP) avec l’acétyl: on obtient du béta céto acyl
5. Le béta-céoacyl est ammené à l’E4 (par l'ACP) : la béta-cétoacyl ACP réductase qui donne le béta-hydroxyacyl (avec conso d’un NADPH) puis le béta-hydroxyacyl est ammené par l’ACP à E5
6. E5 : la béta hydroxyacyl ACP déshydratase donne le Trans Delta 2 enoyl acyl avec libération d’une molécule d’H2O.
7. E6 : la Trans Delta 2 enoyl acyl réductase donne le bytyryl ACP avec conso d’un NADPH


QUESTION 2: Pour chaque acétyclcoA qui, via le citrate, va dans le cytosol, on peut avoir grâce à l'enzyme malique l'obtention d'un NADPH, peut-on également les obtenir à partir de la VPP, faite en amont à partir du G6P?

QUESTION 3 : à partir de la formation du bétacétoacyl-ACP, L’ACP est-il toujours fixé au produit de la réaction précédente pour l’ammener à l’enzyme suivante ?

QUESTION 4: Donc, ce n’est que lorsqu’on obtient 16 C que la thioestérase (en position 8 ) entre en jeu pour séparer l’ACP du palmitate en utilisant une molécule d’eau. Ce n’est qu’à la fin de la synthèse du palmitate que l’ACP est libre ? [b]Est-ce pour cela qu’en bilan final pour le palmitate on se retrouve avec 6 H2O au lieu de 7 ?

QUESTION 5 : Est-ce que, pour chaque monomère, c’est l’ACP sur l’autre monomère qui fixe les intermédiaires ? D’où une coopération entre les monomères ?


Merci d'avance

[Alistair]

Slt !

J'ai quelques petites question pour savoir si en terme de chronologie quant à l'activité de enzymes de l'AG synthase je suis OK...


1. En premier on a la carboxylation de l’acétyl coA en malonylcoA avec conso d’ un ATP et par l’action de l’acétylcoA carboxylase OK
2. Ensuite, à partir d’un acétyl-coA, l’Enzyme II du complexe 1 : l’acétyl coA ACP transcylase permet la fixation de l’Acétyl par l’ACP (en position 7 du monomère) qui fixe ensuite l’acétyl sur l’Enzyme I. L'ACP est donc libre
L'étape est juste mais tu t'embrouilles avec le numéro des enzymes etc. Faisons simple : l'acétylCoA arrive et l'E1 (acylCoA-ACP transacylase) transfert l'acétyl sur l'ACP : tu as un AcétylACP. Ensuite l'E2 (béta-céto-acylACP synthase) récupère l'acétyl de l'acétylACP et le fixe sur un de ses résidus -SH : tu as un ACP libre et une Acétyl-E2
3. L’Enzyme III : malonycoA ACP transcylase permet la fixation du malonyl à l’ACP OK
4. L’enzyme I : béta-cétoacyl synthase permet la condensation des 2 derniers C du malonyl (en partant de l'ACP) avec l’acétyl: on obtient du béta céto acyl
C'est l'E2 (béta-cétoacylACP synthase) qui va fixer le résidu Acétyl qu'elle porte (Acétyl-E2) sur ce qu'il reste du malonyl-ACP (après que le malonyl ait perdu 1C). Tu obtiens un béta-cétoacyl-ACP
5. Le béta-céoacyl-ACP est ammené à l’E4 (par l'ACP) : la béta-cétoacyl ACP réductase qui donne le béta-hydroxyacyl (avec conso d’un NADPH) puis le béta-hydroxyacyl est ammené par l’ACP à E5
OK
6. E5 : la béta hydroxyacyl ACP déshydratase donne le Trans Delta 2 enoyl acyl avec libération d’une molécule d’H2O. OK
7. E6 : la Trans Delta 2 enoyl acyl réductase donne le bytyryl ACP avec conso d’un NADPH OK. Et là on repart pour un tour, le butyryl est l'équivalenten de l'acétyl du premier tour : il v se mettre sur E2 pour libérer l'ACP. Puis un 2ème malonyl arrive et se fixe à l'ACP, on refait un tour et on obtient le caproylACP (l'acyl à 6C), puis le caprilylACP, puis le CaprylACP, puis le laurylACP, le myristylACP et enfin le palmitylACP qui est hydrolysé par la thioestérase.


QUESTION 2: Pour chaque acétyclcoA qui, via le citrate, va dans le cytosol, on peut avoir grâce à l'enzyme malique l'obtention d'un NADPH, peut-on également les obtenir à partir de la VPP, faite en amont à partir du G6P?
Oui bien sûr, la majorité du NADPH vient de la VPP, le reste te vient de l'enzyme malique (et le prof vous parle d'une isoctrate DH cytosolique en cours d'enzymo qui fonctionnent avec du NADP, mais ce n'est pas très important)

QUESTION 3 : à partir de la formation du bétacétoacyl-ACP, L’ACP est-il toujours fixé au produit de la réaction précédente pour l’ammener à l’enzyme suivante ? Oui l'ACP ne quitte pas l'AG en cours de formation, il reste fixé au bétacétoacyl, hydroxyacyl, enoyl. Puis quand on forme l'acyl, ce dernier quitte l'ACP et va sur l'E2, un malonyl vient se fixer sur l'ACP et on refait un tour !

QUESTION 4: Donc, ce n’est que lorsqu’on obtient 16 C que la thioestérase (en position 8 ) entre en jeu pour séparer l’ACP du palmitate en utilisant une molécule d’eau. Ce n’est qu’à la fin de la synthèse du palmitate que l’ACP est libre ? [b]Est-ce pour cela qu’en bilan final pour le palmitate on se retrouve avec 6 H2O au lieu de 7 ?
Pour le bilan : oui tout à fait !
Ensuite l'ACP se retrouve libre à la fin de chaque tour pour permettre au malonyl de se fixer. Après ce n'est que lorsque la thioestérase intervient que l'ACP (et l'E2) sera vrmt libre et pourra refixer un acétyl pour initier un nouvel AG!

QUESTION 5 : Est-ce que, pour chaque monomère, c’est l’ACP sur l’autre monomère qui fixe les intermédiaires ? D’où une coopération entre les monomères ?
Oui! En fait le domaine fonctionnelle c'est E1, E2 et E3 d'un momonère et ACP, E4, E5, E6, E7 de l'autre. Donc les premières étapes se font grace aux deux monomères (E1/E2/E3 d'un monomère avec l'ACP de l'autre monomère). A partir du béta-cétoacylACP, on n'utilise qu'un seul monomère si tu veux.


Merci d'avance

Voilà ! Globalement je pense que tu as bien compris, bravo pcq c'est pas la voie la plus simple ! Bonne journée

[Johanne]

Merci beaucoup Allistair mais franchement je suis embrouillée, je crois qu'on est pas Ok sur la numérotation des enzymes.
Mais j'ai suivi la diapo du prof qui donne:
E1 = cétoacyl ACP synthase
E2= AcetylcoA ACP transacylase
E3 = malonylcoA ACP transacylase

Voilà pourquoi, selon son cours je pensais que: 1. formation du malonylcoA
2. prise en charge de l'acétyl de l'acétylcoA par l'ACP grâce à E2: AcétylcoA ACP transacylase
3. Fixation par l'ACP de l'acétyl sur E1: céto acyl ACP synthase laissant l'ACP dispo
4. E3: le malonylcoA ACP transacylase permet la fixation du malonyl sur ACP ....

et ensuite, chose que je n'avais absolument pas compris : c'est donc la cétoacyl ACP synthase (E2 ou E1 Telle est la question ahah ) qui met son acétyl sur le restant du malonyl fixé à l'ACP (qui a perdu un C). Et ensuite ce sera donc la cétoacyl réductase qui permettra de faire apparaitre la fonction hydroxyle en béta pour donner le béta hydroxyacyl ACP ? Et l'ACP balade l'AG en cours de transformation jusqu'à la fin?


Et dernière question (désolée --' ) : une fois que l'on a la base avec l'acétylcoA et le malonyl au tout début de la formation de l'AG qui donne le bytyryl-ACP et qu'on reparrrrrt pour un tour! c'est toujours le même principe: le malonyl qui se fixe à l'ACP grâce à E3 mais du coup c'est toujours la cétoacyl ACP synthase qui fait la condensation ? ce n'est plus l'acétylcoA mais l'AG incomplet qui se fixe à la cétoacyl ACP synthase?





LOSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSTTTTTTTTTTTTT

[Alistair]

Non ne t'en fais pas je ne pense pas que tu sois perdue ^^ ce que tu dis est juste

Mais j'ai suivi la diapo du prof qui donne:
E1 = cétoacyl ACP synthase
E2= AcetylcoA ACP transacylase
E3 = malonylcoA ACP transacylase

Alors :
- E1 : AcetylcoA ACP transacylase
- E2 : Béta-CétoAcylACP Synthase
- E3 : MalonylCoA ACP transacylase
Tu inverses juste E1 et E2 ^^ je te le montre en image (c'est inédit pcq le poly n'est pas encore sorti mais moi je l'ai ) :

Et il poursuit cette numérotation des enzymes dans la suite de son cours. Il y a juste une diapo, avant celle-ci ou il légende la béta-cétoacylACP synthase par le chiffre 1 et l'acylCoA ACP tranacylase par le chiffre 2... Mais c'est juste pour la légende ! Retiens de que je t'ai écrit en gras (même si ça n'a pas trop d'importance ! Vous n'aurez jamais "E1" ou "E2" au concours ! On vous donnera le nom entier). La numérotation de Giudi est logique d'ailleurs, elle est chronologique :
- L'AcylCoA ACP Transacylase intervient en premier (E1) pour fixer l'acétyl sur l'ACP (E1)
- La Béta-CétoAcylACP Synthase en deuxième pour transférer l'acyl de l'ACP vers le SH de l'enzyme (E2)
- La MalonylCoA ACP transacylase en troisième pour fixer le malonyl sur l'ACP (E3)

Voilà pourquoi, selon son cours je pensais que: 1. formation du malonylcoA
2. prise en charge de l'acétyl de l'acétylcoA par l'ACP grâce à E2: AcétylcoA ACP transacylase
3. Fixation par l'ACP de l'acétyl sur E1: céto acyl ACP synthase laissant l'ACP dispo
4. E3: le malonylcoA ACP transacylase permet la fixation du malonyl sur ACP ....

1 : OK
2 : OK si tu remplaces E2 par E1 !
3 : Alors là les évènements son justes mais la formulation ne l'est pas car c'est l'enzyme E2 (béta-céto...) qui transfert l'acyl de l'ACP sur son SH. Ce n'est pas l'ACP qui transfert l'acyl car l'ACP est une protéine non enzymatique, elle va juste rapprocher l'acyl de l'E2 pour que l'E2 récupère l'acyl et libère l'ACP !
4 : OK

et ensuite, chose que je n'avais absolument pas compris : c'est donc la cétoacyl ACP synthase (E2 ou E1 Telle est la question ahah ) qui met son acétyl sur le restant du malonyl fixé à l'ACP (qui a perdu un C). Et ensuite ce sera donc la cétoacyl réductase qui permettra de faire apparaitre la fonction hydroxyle en béta pour donner le béta hydroxyacyl ACP ? Et l'ACP balade l'AG en cours de transformation jusqu'à la fin?

Oui c'est ça ! E2, après avoir fixé l'acyl, va le condenser au résidu malonyl (décarboxylé) porté par l'ACP. On a un béta-cétoacylACP. L'ACP balade le béta-cétoacyl vers E4 puis vers E5 puis vers E6 s:arrow: on obtient à la fin un acylACP !

Et dernière question (désolée --' ) : une fois que l'on a la base avec l'acétylcoA et le malonyl au tout début de la formation de l'AG qui donne le bytyryl-ACP et qu'on reparrrrrt pour un tour! c'est toujours le même principe: le malonyl qui se fixe à l'ACP grâce à E3 mais du coup c'est toujours la cétoacyl ACP synthase qui fait la condensation ? ce n'est plus l'acétylcoA mais l'AG incomplet qui se fixe à la cétoacyl ACP synthase?

Oui voilà, en fait tu pars toujours d'un petit ACYL (d'abord un ACETYL, puis un BUTYRYL après 1 tour, puis un ACYL à 6C, etc...) et tu lui ajoute 2C grace à un MALONYL à chaque tour !
Quand tu obtiens ton butyrylACP, E2 intervient pour fixer le butyryl sur son SH (comme il avait fixé l'acétyl sur son ACP au tour précédent). Un malonyl arrive, se fixe sur l'ACP et l'E2 va transférer son butyryl sur le manolyACP décarboxylé on a un béta-cétoacylACP à 6C et puis après c'est toujours la même choses E4, E5 et E6 intervient et on obtient un caproylCoA (l'acyl à 6C)... Et c'est reparti pour un tour !

Voilà, ce sera plus simple quand le poly sortira !
Bon courage

[Johanne]

Merci Allistair , cest bon c'est capté !