code histone

[Johanne]

Bonsoir !

Dans le cours qui traite de la transcription, on voit plusieurs niveaux de regulation: proximal, distal, code histone, PEV puis je sais pas s'il y'en a encore d'autres.
Au niveau du code histone, il y'a plusieurs "événements" qui vont être en faveur de la transcription ou de la répression. Mais j'ai du mal à savoir les liens entre eux. Genre.. pour les modifications des queues des histones permettant condensation/décondensation de la chromatine+ les protéines bromo/chromodomaines qui vont reconnaître certaines modifications des queues des histones + les complexes de remodelage qui vont permettre de favoriser ou non la transcription en rendant accessible le complexe d'initiation du promoteur aux facteurs de transcription en condensant/décondensant. Pour ces 3 éléments , on peut les qualifier de facteur de transcription, de co-activateur/répresseur ? Ou bien c'est juste lié au contrôle proximal sans en faire partie ?

Ma question est tordue, merci à celui qui arrivera à me répondre

[Bittoucell]

Déjà, il faut voir le tout sans son ensemble. Ce sont des cascades d'évènements, des signaux agonistes et antagonistes qui se mêlent pour arriver au final à la bonne information.

- La modification des queues d'histone ne peut être un facteur de transcription puisque les FT sont des éléments régulant directement le gène en amont, au niveau du promoteur c'est un élément permettant aux FT de fonctionner au niveau de l'ADN.

- Bromo et chromodomaine qui servent, grosso merdo, de signal pour dire : hey faut condenser ou bien hey faut décondenser.

- Et les complexes de remodelage qui, comme leur nom l'indique, permettent de changer la conformation de l'ADN au niveau du nucléasome de sorte que la partie du gène jusque là cachée, puisse montrer le bout de son nez et ainsi permettre aux FT, FGT, ARNpolyII de ramener leur fraise.

Ta question est intéressante, mais Gigi ne précise pas leur nom exact. J'aurais tendance à les classer dans co-activateurs/répresseurs.
Choubi va regarder et donner son avis, Si sa réponse est aussi imprécise que la mienne, je te propose de poster ta question dans le post pour qu'on demande à Gigi (même si je pense pas que le savoir soit primordiale)

Mais ta question est très intéressante. Ça montre que tu as compris cette partie, qui est loin d'être évidente

[Johanne]

Merci beaucoup

Aujourd'hui le prof a parlé de ORS en expliquant le lien étroit entre épigénétique et réplication, le fait qu'en phase S il a "sélection des ORS" . Et que s'il y'a réplication c'est grâce aux hélicases qui vont ouvrir la double hélice et permettre la fixation de l'ORS. Et que donc il faut décondenser l'ADN pour permettre la réplication et là il a dit " les facteurs de transcription engendrent le remodelage de la chromatine pour favoriser le choix de l'ORS"... Or qui dit remodelage dit complexe de remodelage. Je penche également plus vers le fait que HAT, SWI/SWF soient des co-acvitateurs qui vont permettre de décondenser l'ADN et d'appeler les facteurs de transcription qui vont pouvoir se fixer.. En tout cas il y'a coopération entre ces niveaux de régulation de transcription entre le code histone et le contrôle proximal?

Autre petite question concernant le protocole d'immunoprécipitation. Il s'agit de déterminer quelle modif de queue d'histones agit sur quelle séquence d'ADN pour permettre sa transcription ou sa non transcription ?
Il est écrit... qu'après avoir fragmenté et purifié la chromatine, on met des " ac qui reconnaissent les fragments d'ADN qui portent cette modification "!!!!!!! J'AI RIEN COMPRIIIIISSS !!!!! Ce ne sont pas les modif de queue d'histone qui sont neutralisées par des ac-spé? Comme ça on sélectionne les immunoprécipitats, on sépare l'ADN des nucléosomes puis on amplifie et on séquence la séquence d'ADN dont l'activité transcriptionnelle est régulée en partie par cette modification spécifique de queue d'histone neutralisée par l'ac ?


merci !

[Johanne]

Et j'allais oublier aussi de demander... il n'est pas écrit que les ac étaient marqués ? Comment fait-on alors pour sélectionner les immunoprécipitats et les purifier ? C'est un southern blot c'est ça ? donc obligatoirement on marque les ac qui sont fixés à l'ADN ..? donc c'est l'ADN qui est neutralisé en fait ? --' HELP

[Bittoucell]

Dans l'immunoprécipitation, on va analyser, en effet, les parties de la chromatine qui vont avoir une certaine modification du code histone.

Et pour les Ac qui reconnaissent les ADN : c'est une imprécision. C'est la chromatine et plus précisément les nucléosomes avec leur modif post traductionnelle particulière qui sont reconnus par les Ac


Et en fait, on fait une étude de quantitative. On va voir ça pas immunoblot donc pas besoin de fluorescence. Juste une sonde radioactive.