Alors, préparez-vous à une réponse des plus répondantes (je suis pas très doué pour les phrase d'introduction)
Lorsque la protéine à un peptide signal, elle aura donc une maturation dans le RE (au moins partiellement --> on va le voir)
1. Protéine soluble 
Peptide signal
sans séquence STOP TRANSFERT

passe
entièrement dans la lumière RE lors de sa traduction

2 possibilités :
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Fonction dans le cytoplasme ou dans un organite : la protéine est virée du RE avec formation d'une vésicule tout autour de la prot grâce à la membrane du RE --> vésiculation jusqu'à la zone souhaitée. Je pense que si la fonction est cytosolique, on ne passe même pas par une vésiculation.
Il peut aussi s'agir d'une protéine qui n'a pas pour lieu un organite du SE, dans ce cas, ce sera une autre séquence signal qui permettra l'arrivée de la protéine (sans vésicule)
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Fonction en dehors de la cellule (comme le collagène) : exocytose avec formation d'une vésicule par la membrane du RE et visiculation avec fusion de la vésicule avec la membrane plasmique et sortie de la prot. (et puis y'a le cas où ça reste en vésicule et ça va à une autre cellule, etc)
2. Protéine Transmembranaire 
Séquence signal
ET STOP TRANSFERT

une partie passe dans la lumière, une partie reste à l'extérieur et une partie est collée à la membrane

3 possibilités
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Fonction sur un organite du SE (translocase) : sera vésiculée avec toujours une partie dans la vésicule et une partie en dehors ainsi qu'une partie en contact de la membrane de la vésicule (hydrophobe !)
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Fonction dans le noyau :
... * maturation sur la membrane externe du noyau car il fonctionne comme le RE
... * maturation dans le RE puis vésiculation jusqu'au noyau
Voilà, j'ai peut être oublié des choses mais je pense que j'ai parlé de tout ce qui vous gênait
