Alors voici quelques réponses à des questions que vous vous posiez, nous sommes allés voir M. Giudicelli il nous a répondu :
1) Concernant l'Histidine, est-ce un acide aminé essentiel chez l'adulte ?
Non 
On simplifie et on considère qu'il y a 8 aa essentiels chez l'adulte (M,I,F,W,L,T,K,V) et deux de plus chez l'enfant uniquement (R et H). Il est vrai que la biosynthèse de l'histidine n'est pas aussi efficace que celle celle d'autres aa et que dans certaines conditions, il faut un apport alimentaire supplémentaire (certain le considère même comme un aa essentiel chez l'adulte aussi). Mais restons simple : pour M.Giudicelli R et H essentiels chez l'enfant uniquement !2) L'Histidine ayant une chaine lat dont le pkA est de 6, elle est majoritairement sous forme zwitterionique à pH physiologique, pourquoi la classe-t-on parmi les aa basiques portant une charge + à pH physiologique ?
A pH physio, l'Histidine est faiblement ionisée... Elle se retrouve en effet majoritairement sous forme neutre ! Mais il y a quand même une faible proportions de forme ionisée : on la classe donc parmi les aa basiques au même titre que R ou K ! C'est ce que j'avais expliqué quelqu'un sur le forum au début du semestre : viewtopic.php?f=333&t=23364&p=162977&hilit=histidine+basique#p162977
3) Quelle est la valeur du DG'0 associé à l'hydrolyse de l'ATP en AMP + PPi ?
45 kJ/mol 
ce n'est donc pas une erreur (bcp de sources très sérieuses considèrent que cette réaction libère 30kJ/mol, il semble y avoir un désaccord au sein de la communauté biochimique... Mais peu importe !!)Explication :
La réaction ATP --> ADP + Pi libère environ 30kJ/mol
l'ADP est encore caractérisé par une forte gêne stérique entre ses deux groupements phosphate. De plus, il fixe encore un ion Mg2+ qui le rend encore plus instable ! La réaction ATP --> AMP + PPi libère environ 45kJ/mol
l'AMP est plus stable que l'ADP... Mais le PPi est plus stable que le Pi... A priori on devrait obtenir aussi 30kJ/mol... Sauf que l'AMP ne fixe pas de Mg2+ : ce qui le rend beaucoup beaucoup plus stable que l'ADP ! le PPi n'en fixe pas non plus. Du coup, l'AMP+PPi est plus stable que l'ADP+Pi 4) Le PPi est-il une molécule à HPE ?
Selon la définition des molécules à HPE, non. Mais il faut bien comprendre que le PPi n'existe pas indépendamment de l'AMP, il provient toujours de l'hydrolyse de l'ATP en AMP et PPi dès qu'il ets libéré, il est hydrolysé par les pyrophosphatases! Son hydrolyse est couplée à celle l'ATP. Il faut donc considérer son hydrolyse comme un complément de l'hydrolyse de l'ATP en AMP + PPi
on libère 45 kJ/mol + 19 kJ/mol = 64kJ/mol ! Il faut considérer les deux réactions comme étant couplées.En bref, on ne vous demandera pas si le PPi est une molécule à HPE puisque ce n'est qu'un intermédiaire qui va se faire hydrolyser très vite !
5) Cellule : système ouvert ou fermé ?
La définition thermodynamique d'un système ouvert/fermé fait que vous verrez en thermo/orga que la cellule est un système ouvert...M. Giudicelli considère quand même la cellule comme étant un système fermé car il y a bcp de contrainte : on est dans un milieu ou l'on ne peut pas échanger avec le milieu extérieur comme l'on veut
il faut conserver une pression constante, une température constante, une osmolarité constante,...La chimie de labo elle se fait dans des fioles ou l'échange avec l'aire par exemple est possible, on peut chauffer la solution, faire varier la pression,...
on a moins de contrainte, voire pas du tout !Bon, c'est quelque chose que le prof a dit à l'oral, par conséquent ça ne devrait pas faire l'objet de question
6) Peut-on dire que 2 énantiomères ont les mêmes propriétés physico-chimiques
Comme on vous l'avez dit et le prof l'a confirmé : c'est un abus de langage... C'est vrai sauf pour les propriétés optiques (pouvoir rotatoire) qui sont opposées (même valeur mais signe opposé)... On peut aussi considérer que des énantiomères n'ont pas les mêmes propriétés chimiques envers les enzymes qui ne vont agir que sur un énantiomère ou l'autre ! Vous n'aurez pas cette ambiguité au concours du coup!
7) Poly de bioénergétique, diapo 31 : DG = DG'0 + RT ln(B//A)
ne serait-ce pas DG' = DG'0 + RTln(B/A) Oui rigoureusement, on devrait mettre DG' (le prime caractérise les conditions biologiques), mais cette une notation relativement récente. Dans de nombreux livre de biochimie, on ne trouve encore que la notation DG, il dépend de DG0 en conditions non biologiques ou de DG'0 en conditions non biologiques au concours il vous mettre les deux pour éviter toute ambiguité : DG et DG' sont considérés comme équivalents.Il faut par contre différencier :
- DG0 : applicable aux conditions standards NON BIOLOGIQUES (dans les fioles des labos^^)
- DG'0 : applicable aux conditions standards BIOLOGIQUES (dans les cellules)
- DG ou DG' : qui dépendent de DG0 ou de DG'0 selon le milieu ou on se trouve. En bioch, si on vous dit DG c'est comme si l'on vous disait DG', il sera définit par la relation DG = DG'0 + RT ln (B/A)
En bref, on simplifie les choses : soyez heureux !!
1) Combien de liaison HPE sont produites lors de la cétolyse?
Dégradation du béta-hydoxybutyrate : 26 Dégradation de l'acétoacétate : 23Le nombre d'ATP produit est de 27 ou 24 certes mais la réaction catalysée par la 3-cétoacylCoA transférase, empêche la formation d'un GTP... Le bilan net en liaison HPE, ou en équivalent ATP est donc de 26 ou 23. C'est en ces termes que l'on vous posera la question (si elle vous est posé)...
2) Doit on considérer que l'étape limitante de l'entrée des AG dans la mito est celle catalysée par CAT1 ou par la translocase ?
Considérez que c'est CAT1 dans le sens ou c'est elle qui est régulée.3) La fin du poly "structure des protéines" portant sur les méthodes d'analyse des protéines sera-t-elle traitées et peut elle tomber au concours ?
NON ! 
Le prof ne trouve pas ça intéressant dans la mesure ou vous voyez ces notions en biocell ! Par contre, si vous voulez qu'il vous explique ce qu'est une électrophorèse, une Western Blot, ect parceque vous estimez que ça peut vous servir pour la biocell ou pour votre culture, il le fera lors d'un de ses derniers cours. Mais dans tous les cas, ça ne tombera pas au concours.4) AG moyen ? AG courts ? Ou est la limite ?
AG moyen : 12 C Max AG courts : 6-8 MaxTrès honnêtement, on ne pense pas que vous aurez de pièges là dessus, c'est une classification un peu arbitraire...
5) Explication de la dernière phrase de la diapo phrase suivante ?
Une forte agitation mécanique peut en effet casser les liaisons peptidiques... Bon c'est assez facilement compréhensible, si vous prenez votre protéine et que vous la secouez dans tous les sens, elle se casse ^^. M. Giudicelli nous a même emmené dans son labo pour nous le prouver.
Donc retenez que les la dénaturation ne casse pas les structure primaire avec une exception : l'agitation mécanique qui peut éventuellement casser aussi les liaisons peptidiques. Encore une fois, le piège est très très improbable quand même...
Autres chose : Je vous ferais un petit topo sur la régulation du cycle de Krebs dans les jours qui viennent, pcq des étudiants m'ont posé des questions sur ce sujet hier après la séance et je me suis rendu compte que bcp de choses ont changé ou ont été précisées cette année (enzymes inhibées par le NADH, l'ATP, le succinylCoA, régulation de la PDH,...). J'ai vu aussi qu'il y avait une ou deux erreurs dans la ronéo. Donc vous aurez dans les jours qui viennent un petit résumé 100% fiable !
Vos tut' de bioch' : Justine, Andrea et Alistair
