Slt ! Je pense que vous vous prenez la tête pour quelque chose qui n'a pas trop d'importance.
NH4+/NH3 (ammonium/amoniac) c'est couple acido/basique dont le pK est d'environ 9, donc vous avez un équilibre entre les deux qui dépend du pH.
A pH physio quand vous libérez de l'ammoniac (grace à la Glnase, la Glu DH, ...) vous libérez du NH3, mais vous vu le pKa je pense que vous comprenez bien que dès qu'on le sécrète dans le sang, c'est la forme NH4+ qui est dominante. Mais on s'en fout un peu, le passage de l'un à l'autre dépend juste du pH et peu être très rapide, ce n'est pas une source de piège (d'ailleurs le prof marque parfois NH3 et parfois NH4+).
Mnt dans le rein qu'est-ce qui se passe ? Eh bien vous obtenez du NH3 par désamination du Glu et de la Gln. Le NH3 est sécrété dans la lumière des tubules rénaux ou se trouve l'urine. Dans l'urine, en cas d'acidose (c'est le cas en période de jeûne), le NH3 est massivement protoné en NH4+.
Ce qu'il se passe en réalité c'est que l'urine est une solution aqueuse, donc quand elle est très acide, il se passe la réaction suivante :
NH3 + H2O = NH4+ + HO-

Vous obtenez alors une solution aqueuse de NH4+ (le NH4+ est dissout dans l'eau) c'est à dire NH4+ + HO-. Cette solution aqueuse d'ammonium est appelée ammoniaque.
Voilà, mais enfin pas de quoi se prendre la tête je pense ... Je vous confirme au passage que l'item est bien juste le rein sécrète de l'ammoniac, c'est dans l'urine que tout se fait !