QCM 3

[Danaé]

up ?

[ThomasV]

Salut

Désolé du retard de réponse

D'après moi, les choses sont comme ça :
- La modélisation est vraiment une étape de l'identification de la molécule, c'est là où on va regarder notre récepteur par exemple sur un modèle informatique, remarquer qu'il faut forcément un groupe NH3 pour s'y fixer et on va ensuite sélectionner des centaines de molécules qui ont ce groupe NH3. On utilise donc la relation structure-activité (mais c'est à distinguer de la modélisation, une bonne relation structure activité est la finalité de la modélisation)
- Ensuite, durant le screening, on va réaliser nos premiers tests, et on va se rendre compte que beaucoup de molécules sont très toxiques, et que celles qui ne sont pas toxiques ont une activité assez faible --> on retourne vers le chimiste, il va optimiser les molécules les moins toxiques, rajouter un groupement ester pour favoriser l'activité catalytique, ... donc une nouvelle fois chercher à obtenir une bonne relation structure-activité (mais ce n'est pas parce que c'est fait dans ces deux étapes qu'on ne doit plus les distinguer)

Donc pour moi, la modélisation est vraiment une étape d’identification de la molécule, alors que quand on optimise on est déjà dans le screening, et on n'est plus du tout dans un contexte de modélisation (on sait déjà comment la molécule agit avec sa cible donc ça n'a plus d'intérêt). N'hésite pas si tu as d'autres remarques ou que tu veux en discuter

Bonne après-midi

[Danaé]

Nan t'inquiètes je vois ce que tu veux dire

alors juste pour etre sure que j'ai compris

Donc si j'ai un item du style 'la modélisation moléculaire et le retour vers le chimiste permettent d'améliorer la relation structure activité' c'est juste donc ?

et "la modélisation moléculaire n'est effectuée que durant l'identification de la molécule active sur la cible" c'est vrai aussi ?

Genre en gros le retour vers le chimiste c'est juste du perfectionnement de ce qui a déjà été fait avant et donc on ne peut pas vraiment appeler ca la modélisation même si au fond c'est sensiblement la même chose. C'est ca ?

Merci pour ta réponse

[ThomasV]

La modélisation ce serait plutôt chercher à déjà obtenir une activité, forte ou faible, sur ton récepteur, vu que tu prends des milliers de molécules tu peux pas forcément te permettre de prendre que celles qui ont une bonne relation structure-activité.
Et ensuite quand tu reviens vers le chimiste, tu sais que telle molécule sera possiblement administrable chez l'homme, là tu vas bien optimiser ta relation.

Pour ton deuxième item je suis d'accord, c'est uniquement pendant la phase d'identification et plus le screening.

Voilà je pense que la finalité est la même, mais on n'est plus dans le même contexte : la modélisation tu cherches juste à savoir quelles molécules sont actives sur ton récepteur et ensuite tu as ton screening primaire ; pour l'optimisation, tu sais déjà que la molécule que tu optimises a des chances d'aller plus loin, donc tu optimises ta relation, en plus de chercher à ne pas obtenir d'effets indésirables parce que tu souhaites vraiment que cette molécule aille plus loin. Mais ce qu'on cherche c'est quand même une relation structure-activité et plus on est loin dans la recherche et plus elle doit être bonne.

J'espère que ça répond à tes interrogations !

Bonne après-midi

[Danaé]

La modélisation ce serait plutôt chercher à déjà obtenir une activité, forte ou faible, sur ton récepteur, vu que tu prends des milliers de molécules tu peux pas forcément te permettre de prendre que celles qui ont une bonne relation structure-activité.

J'ai pas compris ce que tu as voulu dire la. Lors de la modélisation on ne cherche pas directement à savoir quelles sont les molécules qui ont la meilleure structure activité ? (c'est écrit dans la diapo pourtant :/)
Moi je pensais que justement si on faisait la modélisation c'était plus rentable car au final on teste beaucoup moins de molécules qu'avec une procédure normale
et après je pensais que le retour vers le chimiste était la pour rendre la molécule plus soluble, moins toxique pour l'homme (donc la on rajoute juste un petit groupement hydrophile ou quoi) mais la structure de base à était réalisée lors de la modélisation

je suis désolée de t'embêter mais je veux vraiment que ca soit clair dans ma tête

[ThomasV]

Oui je suis d'accord qu'avec la modélisation tu obtiens des molécules déjà actives, alors que si tu avais juste pris des molécules d'une chimiothèque, ça aurait pas été forcément le cas.
Après comme on est toujours dans une étape d'identification, on se laisse de la marge et on prend beaucoup de molécules pour que le screening ait un véritable intérêt (si dès la modélisation on n'a plus que 10 molécules, le screening est inutile du coup !) : on peut prendre des molécules très actives, mais rien ne dit qu'elles ne seront pas toutes toxiques, donc on garde quand même des molécules un peu moins actives (en plus tout se fait sur ordinateur donc je suppose que c'est très rapide d'obtenir les xxxx molécules compatibles avec le récepteur).
Et le retour au chimiste, je pense que ça peut être un peu les deux selon les cas : soit notre molécule est très active mais toxique, on va essayer de diminuer ses effets toxiques en éliminant tel ou tel groupement ; si elle est moins active mais pas toxique, on peut essayer d'optimiser la relation structure activité en essayant de rajouter des groupements catalytiques, ...

Désolé c'est un peu laborieux, moi ça me semble à peu près clair d'après le cours de Braguer, donc j'espère que ça le devient pour toi aussi petit à petit

Bonne soirée

[Danaé]

Oui voila c'est bon j'y vois enfin plus clair !!

Merci beaucoup d'avoir pris le temps de réfléchir à la question et de m'avoir aidé !

Bonne soirée

[dMarie]

Salut!

Je m'incruste ^^J'étais entrain de faire les annales 2010-2011 (le QCM que catus a mis juste avant) et je comprend pas pourquoi la C) serait fausse: pour la modélisation moléculaire il faut bien connaître la structure de la cible thérapeutique nn?
Merci d'avance!

[Danaé]

C'est vrai tu fais bien de remonter la question,

Dans mes annales cet item est compté vrai. Donc tu as raison je pense !

Si tu veux je le repasse en attente car du coup je ne suis plus d'accord avec la rep de cactus ?

(merci j'avais même pas vu que la correction divergeait ^^)

[dMarie]

oui je veux bien que tu le repasse en attente, merci!