Point iso-éléctrique d'un peptide

[Ups1502]

Bonjour, une question par rapport au QCM 17 de l'annatut 2012-2013, première partie !

Je ne comprends pas du tout comment on calcule les pHi des peptides, en fonction des données de l'énoncé !

Merci

[Fat'Matt]

Salut, alors je suis allé y jeter un œil, ce n'était plus au programme l'année dernière ! Ça nécessite la méthode des bols qui est assez compliquée, si jamais tu veux t'y interessé, je te mets un petit exemple en dessous, mais je sais pas si t'y comprendras quelque chose:

Prenons le peptide : AMERTUME.

Combien d'acide aminé chargé avons-nous ?
E (glutamate).
R (arginine).
E (glutamate).

Le glutamate est acide --> chargé - à pH = 14 et à pH physio. (Pourquoi ? Parce que la fonction COOH a un pKa de 3).
L'arginine est basique --> chargé positif à pH = 0 et à pH physio. (Pourquoi ? Parce que la fonction NH3+ a un pKa de 9).

Combien de charges totales avons-nous ?
3.
5 ! Il ne faut pas oublier les charges portés en Nterm et Cterm.

La charge Nterm est portée par l'alanine.
La charge en Cterm est portée par le glutamate.

Maintenant, tu fais tes bols... t'en fais 5.
Tu pars de pH = 0 et tu arrives à pH = 14.

A pH = 0 nos AA sont NON-ionisé ! Donc notre fonction carboxylique est COOH ! Aucune charge négative n'apparait sur nos AA.
--> a pH = 0 on aura des charges + au-dessus de nos bols car on a des NH3+ (au moins 1, sauf pour la proline).

Au-dessus de tes bols, tu auras +2 / +1 / 0 / -1 / -2 / -3.
Les pKa dans l'ordre : Cterm (3) / COOH(Glutamate) / COOH (Glutamate) / Nterm / NH3+(Arginine).

Tu prends le pKa de l'AA en +1 et en -1 (car pHi = 0) et tu calcules.
[pKa (glutamate) + pKa (glutamate)]/2.
(bon... là c'est pas compliqué, pHi = pKa (COOH du glutamate).


Voilà

[Ups1502]

Oui.. Je vois c'est un peu compliqué !

Si ce n'était plus au programme de l'année dernière, ça veut dire que ça n'y sera pas à celui de cette année ?

[Fat'Matt]

Ah mon avis y'a très peu de chance pour qu'on ait ça au programme cette année, attends tout de même la réponse d'un tut'
Mais te prends pas la tête avec ça dans les annatut' du coup, passes à autre chose quand tu vois ce genre d'énoncé !

Bonne journée

[Ups1502]

En fait je posais la question parce que la plupart des QCM de cette partie en contenaient.. Bref tant pis merci

[nicow]

oui il y a deux ans c'etait un autre prof qui faisait le cours (meme pas celui de l'année derniere) donc ca parrait très peu probable ^^

[daphné]

bonjour!

alors pour ces histoires de pHi on attend de voir le cours de cette année parce que la structurale va peut-être être un tout petit peu allégée, en tout cas les QCMs auxquels tu fais référence datent d'une année où c'est un autre prof qui la faisait, maintenant ils sont un peu moins d'actualité.

on vous fera un récap si nécessaire le moment venu

bonne soirée!