Cocktail (Chromofore etc) En gros, résolu.

[Harmonie]

Bonsoir les gars (bonsoir aux gazelles aussi)
J'ai quelques pitites questions, merci à celui/ceux/celle(s) qui m'éclaireront ! (et tant pis si ces questions sont idiotes)

1) Dans la théorie de l'endosymbionte, il y'a endocytose d'une EUbactérie par un archae. Peut-on utiliser indifféremment les termes de bactérie et d'Eubactérie ?

2) Pour les IPs, rejet ou pas rejet ?

3)Chromophore: nom de la structure 3D de la GFP + dérivés (YFP..) uniquement
ou bien
Chromophore : nom de la structure 3D d'un fluorochrome quelconque ?
EDIT (29/09 18h50): Dans le cas où on ne peut parler de chromophore QUE pour la GFP et dérivés, d'où vient alors la fluorescence de la Rhodamine ? Et celle de la fluorescéine alors ? Si tous les fluorochromes n'ont pas forcément de chromophore, et que pourtant ils ont une propriété commune : émettre de la fluorescence, alors il doit exister un "chromophore" ou truc particulier chez ces fluorochromes que la GFP + dérivés possèdent aussi !

4) On a la triade en Aa, soit le chromophore de la GFP tq (G, Y ou S ?, T). Qu'en est-il pour CFP, YFP, BFP WTF ? Ou bien OSEF ?

5) Quels sont les couples Lambda(excitation/émission) des variants de la GFP ? de la Rhodamine ? On s'en fout ?

6) Si la transfection c'est introduction d'un ADN, on peut réellement utiliser ce terme pour l'introduction d'UN gêne ?

7) A propos du FRET intErmoléculaire : j'ai pas tout compris à l'exemple donné, même qu'il m'as pris la tête.

On a création et expression de 2 hybrides CFP-NIPP1 et YFP-PP1 par transfection, transcritpion et traduction. OK
On sait que les protéines sont essentiellement nucléaire. OK
Avec Lambda(exi)=430nm on observe lambda(emi)=476nm : il n'ya pas d'intéraction avec PP1. Euh ouais, c'est magique un peu comme conclusion.. Qui est censé intéragir avec PP1 ?
On conclut que l'expérience suggère que PP1 est dans le noyau mais pas dans le nucléole. OUAIS GROS, ça sort d'où ?

Comme c'est une application du FRET la mesure de la [Ca2+]ic se fait avec un transfert d'énergie non radiatif, ya ?

9) L'étude de la dynamique des molécules par photobleaching FLIP/FRAP permet d'étudier la diffusion des protéines et réflète la fonction. Et d'où ?


Merci bien, et pardon pour le méli-mélo. Ouvrir 9post différents pour chaque question ça fait un peu beaucoup, mais s'il le faut, j'applique pour la prochaine !

[Kick-Ass]

Bonsoiiiiiir
Jvais te donner mon avis, on pourra en discuter (grosse soirée en perspective)

1) Il différencie les bactéries en eubactéries et archaébactéries, donc eubactérie pas forcément égal a bactérie pr moi
2) IPs : pas de rejet, (en théorie) puisque tu utilise une cellule du patient que tu transfecte avec les 4 gènes d'intérets puis que tu réimplantera après culture
3) chromophore apliquable a tous les fluorochromes
4) je pense qu'il ne faut retenir que GYT (et encore c pas le vrai chromophore de la GFP naturelle), osef du reste
5) j'ajouterai fluoresceine, dans tous les cas j'espere qu'ils fileront les lambda d'exitation/d'émission..
6) un gène c une partie d'ADN, tu intégrera jamais la totalité du génome donc pour moi la transfection s'applique même carément aux gènes
7) fret inter: j'ai pas la ronéo sous la main, si 2 molécules sont a moins de 10 nm de distance avec un fluorochrome collé aux fesses yaura un FRET
8 ) transfert d'energie non radiatif entre les 2 fluorochromes uniquement
9) Aucune idée, pour moi ca sert uniquement a calculer la vitesse de déplacement, la mobilité et la communication entre des compartiments cellulaires.

Wanna talk ? =D

[Harmonie]

Bonsoiiiiiir
Jvais te donner mon avis, on pourra en discuter (grosse soirée en perspective)

1) Il différencie les bactéries en eubactéries et archaébactéries, donc eubactérie pas forcément égal a bactérie pr moi

Je suis totalement d'accord avec toi. C'était simplement pour contraindre mon cerveau à ne garder qu'une unique version !

2) IPs : pas de rejet, (en théorie) puisque tu utilise une cellule du patient que tu transfecte avec les 4 gènes d'intérets puis que tu réimplantera après culture
Du coup rejet = CSE ?

4) je pense qu'il ne faut retenir que GYT (et encore c pas le vrai chromophore de la GFP naturelle), osef du reste
OK. Mais moi ça m'embête car il nous donne la triade du GFP, nous dit qu'en changeant Y en W on peut avoir un variant, mais on ne sait pas lequel..

5) j'ajouterai fluoresceine, dans tous les cas j'espere qu'ils fileront les lambda d'exitation/d'émission..

Pour la fluoresceine, c'est la même chose que pour le GFP (lambda exi = 400 ; lambda émi = 510) enfin, c'est ce que j'ai appris..

6) un gène c une partie d'ADN, tu intégrera jamais la totalité du génome donc pour moi la transfection s'applique même carément aux gènes
Sachant d'ailleurs que l'ADN ne contient pas tout le génome. Là, je chipote pour la transfection en vrai..

9) Aucune idée, pour moi ca sert uniquement a calculer la vitesse de déplacement, la mobilité et la communication entre des compartiments cellulaires.
Voiiiilà, ça c'est que j'ai retenu, mais cette histoire de fonction reflétée va ma faire cauchemarder (Oui, il m'en faut peu)
Wanna talk ? =D

Toujours !

Merci mucho mucho de ta participation

[Ceyy]

Coucou !

2) Non il rejetera pas les CSE parce qu'elles sont faites à partir d'un ovocyte énuclée et du noyau d'une cellule du patient !

4) Les varients : osef. Retiens juste GYT pour la GFP.

6) Qu'est ce qui te pose problème pour la transfection ?

[Harmonie]

Coucou !

2) Non il rejetera pas les CSE parce qu'elles sont faites à partir d'un ovocyte énuclée et du noyau d'une cellule du patient !

6) Qu'est ce qui te pose problème pour la transfection ?

Bonjour Ceyy, merci de ta réponse.
Donc il n'ya pas de rejet, ni avec les CSE ni avec les IPs. Je prends note.
Pour la transfection, ce qui me turlupine c'est qu'on dise que c'est l'intégration d'un ADN alors qu'en vrai ça ne concerne qu'une partie de l'ADN.

[Ceyy]

Reee !

Édit : je n'ai rien dis

Rock: Ceyy

[BOB]

Salut !! Vu qu'un tuteur n'est pas passe par la je n'ouvre pas un autre post la dessus

3) chromophore apliquable a tous les fluorochromes

Je pensais que seul la GFP et ses dérives avaient ce chromophore
C'est ptetre une incompréhension de ma part mais Vous avez vu ça ou que tous les fluorochromes avaient cette structure ?

Merci

[Kick-Ass]

Pour moi tous les fluorochrome ont un chromophore, certes de type différent de GFP mais chromophore quand même ^^ Après il l'a pas précisé en cours !

[Quiche]

Salut

Les 3 AA du chromophore sont Glycine, Tyrosine et Sérine ! C'est une erreur dans la ronéo et ça a été rectifié

[Presci]

Salut !!

Salut !! Vu qu'un tuteur n'est pas passe par la je n'ouvre pas un autre post la dessus

3) chromophore apliquable a tous les fluorochromes

Je pensais que seul la GFP et ses dérives avaient ce chromophore
C'est ptetre une incompréhension de ma part mais Vous avez vu ça ou que tous les fluorochromes avaient cette structure ?

Merci

Je suis d'accord avec BOB, le prof a dit qu'il était possible de créer des fluorochromes en changeant les AAs du chromophores (YFP, BFP etc), mais en aucun cas il a dit que la rhodamine par exemple avait un chromophore.

Si un item du genre "Tous les fluorochromes possèdent un chromophore" je mettrais FAUX.

L'avis d'un tuteur m'intéresse aussi du coup

Bonne journée

[Kick-Ass]

http://www.cnrtl.fr/definition/chromophore

Pour moi le chromophore c'est la partie de la protéine qui la rend fluorescente. C'est aussi simple que ça. Sinon, tu penses qu'elle vient d'ou la fluorescence de la rhodamine?

Après il ne la pas précisé dans le cours probablement parcqu'on ne te parlera pas d'autres chromophores que ceux de la GFP, mais ca me semblait logique =)

Attendons quand même qu'un super-tut passe par la !

[Quiche]

http://www.cnrtl.fr/definition/chromophore

Pour moi le chromophore c'est la partie de la protéine qui la rend fluorescente. C'est aussi simple que ça. Sinon, tu penses qu'elle vient d'ou la fluorescence de la rhodamine?

Après il ne la pas précisé dans le cours probablement parcqu'on ne te parlera pas d'autres chromophores que ceux de la GFP, mais ca me semblait logique =)

Attendons quand même qu'un super-tut passe par la !

La rhodamine n'est pas une protéine mais une molécule donc pas de chromophore

[Harmonie]

http://www.cnrtl.fr/definition/chromophore

La rhodamine n'est pas une protéine mais une molécule donc pas de chromophore

N'empêche qu'elle émet de la fluorescence. D'où vient alors la fluorescence de la Rhodamine ? Et celle de la fluorescéine alors ? (Je met la question dans mon post). Si tous les fluorochromes n'ont pas forcément de chromophore, et que pourtant ils ont une propriété commune : émettre de la fluorescence, alors il doit exister un "chromophore" ou truc particulier chez ces fluorochromes que la GFP + dérivés possèdent aussi..

[Kick-Ass]

La rhodamine n'est pas une protéine mais une molécule donc pas de chromophore

Une protéine est une macromolécule. Après la rhodamine peut constituer son propre chromophore (d'ailleur tu remarque que chromophore fluorophore fluorochrome c'est assez similaire hein).

Au final ce débat relève plus de la masturbation intellectuelle qu'autre chose, jpense pas qu'il te pose de question sur d'autre chromophore que celui de la GFP mais si t'as envie de continuer have fun

[Harmonie]

Une protéine est une macromolécule. Après la rhodamine peut constituer son propre chromophore (d'ailleur tu remarque que chromophore fluorophore fluorochrome c'est assez similaire hein).

Au final ce débat relève plus de la masturbation intellectuelle qu'autre chose, jpense pas qu'il te pose de question sur d'autre chromophore que celui de la GFP mais si t'as envie de continuer have fun

Curiosité plutôt . Je sais aussi bien que je pousse le bouchon un peu loin là, mais ça c'est pour moi. On étudie la GFP et ses dérivés, on nous dit qui ils sont, on nous donne la triade du chromophore de la GFP mais pas de ses variants du coup ça attise ma curiosité .

[Kick-Ass]

Je comprends, moi aussi je suis de nature à vouloir pousser le bouchon un peu loin pour comprendre afin que ca soit vmt clair dans mon esprit (mon message était pour quiche).

Au final peut être que les chromophores sont un terme réservés à des molécules qui ne sont pas fluorescentes en totalité, et du coup le chromophore serait juste ce groupement responsable de la fluorescence.

En vérifiant pour la rhodamine je pense que c'est une petite molécule qui est entièrement fluorescente donc qui n'a pas un groupement fluorescent et un groupement non fluorescent, ca constituerai une petite subtilité (c'est un fluorochrome / fluorophore)

Après faudra attendre un tuteur j'imagine qu'on pourra pas avoir de réponse claire avant :p que des conjectures ^^ mais comprendre en détail c'est tout à ton honneur !

[BOB]

C'est aussi simple que ça.

Toi t'es un bon...

Je dis pas que t'as tord, mais un item dans lequel il parle du chromophore de la rodhamine par exemple ne serait pas impossible et si la fluo de la rodhamine ne vient pas du chromophore... Wikipedia ne pourra rien faire pour toi !

Après faudra attendre un tuteur j'imagine qu'on pourra pas avoir de réponse claire avant :p mais comprendre en détail c'est tout à ton honneur !

voila de belles paroles

[Kick-Ass]

Toi t'es un bon...

Merci.

Voila de belles paroles

Alors suis mes belles paroles et poste pas pour rien dire. On attend la rep d'un tut

[BOB]

Voila !!! Attendons une réponse

Si ça te paraît tant évident ça ne l'est pas forcément pour les autres.

[Kick-Ass]

J'ai pas dit ca.. Désolé si mes messages ont l'air un peu agressifs jsuis un peu à cran ce soir ^.^

Au moins on s'en souviendra du chromophore =]