Attention : Raisonnement personnel ! Dans le cas d'un écoulement d'un fluide réel (viscosité non nulle), l'équation de Bernouilli n'est tout simplement plus vérifiée :
P (Pression latérale) + 1/2 rho*v² (Energie cinétique) + rho*g*h (Energie potentielle de pesanteur) ≠ Constante !!! Désormais :
P (Pression latérale) + 1/2 rho*v² (Energie cinétique) + rho*g*h (Energie potentielle de pesanteur) + Chaleur = Constante !!! Pourquoi ? Parce qu'il existe, de par la viscosité associée au fluide réel, une résistance à l'écoulement. Par conséquent, une partie de la charge de fluide lutte contre cette résistance, et est émise sous forme de chaleur. Si on est dans le cas d'un fluide réel en écoulement turbulent, cette énergie perdue sous forme de chaleur est aussi liée aux tourbillonnements caractéristiques du régime.
Donc, de l'énergie est perdue, mais d'où provient-elle ? Je dirais que dans le cadre du cours, ça vient de la pression latérale uniquement.
(1) L'énergie potentielle de pesanteur ne dépend que de la masse volumique, de l'intensité de pesanteur, de la hauteur du point (rho*g*h), pour moi elle n'est pas modifiée par la perte de charge progressive. (2) Le débit... je pense qu'il n'est pas modifié car dans le cours, le prof applique le principe de continuité des débits dans une circulation fermée. (3) La pression latérale : Oui ! On le voit avec la loi de Poiseuille ! La loi de Poiseuille s'applique à un fluide réel en écoulement laminaire, et que voit-on :
Delta P = Q * R 
Ici, le débit est bien considéré comme constant malgré la perte de charge, mais on caractérise bien
une diminution progressive de la pression latérale du fluide le long d'un vaisseau !