Îlots CpG qcm

[mariieyep]

Coucou dans un qcm du DM qui regroupe tout il a cette item qui me pose problème :
B) Dans les îlots CpG, le taux de mutation observé est moins élevé que dans d’autres régions du génome

correction :B) Faux : dans les régions du génome riches en cytosines méthylées, le taux de mutation est PLUS élevé que dans d’autres régions

Alors du coup par rapport a la biocel je suis un peu perdu vu qu en biocel on a vu qu il fallait faire la distinction entre les CpG methylés qui sont des régions à risque élevé de mutation et les îlots CpG qui ne sont pas methylés ni spécialement à risque

[Oxo]

Entièrement d'accord avec toi! J'ai l'impression que Naïmi ne fait pas la différence entre les mot ilots cpg et cpg tout court qui pourtant veulent pas dire la même chose...

[TORRM]

Salut !!

Alors ouai c'est vrai que c'est ambiguë, voilà moi je le vois comme ça ..

les CpG methylé sont des zones d'hétérochromatine, dans les désert intergénique, donc peu de risque de voir une mutation s'exprimer à ce niveau là puisque ces gènes ne sont pas transcrits.

Les ilots CpG sont sous méthylé, mais présent sur les sites de transcription, donc point chaud car la possibilité que des cytosines soit méthylé puis désaminé est quand même majoritaire car ces répétitions sont plus présente et en plus sur des genes transcrits.

En fait ce qui est genant en Biomol c'est qu'on parle pas des autres Cpg, mais si on ne compte pas ces autres CpG, qui n'interviennent pas dans la transcription normalement (sauf cancer ou c'est inversé) c'est vrai que les Ilots CpG seront des zones ou on aura plus de cytosines méthylé qu'ailleurs, car sous methylé et pas, pas méthylé du tout .

C'est juste une interprétation et sa demande confirmation.

(J'avoue moi aussi je bug sur région riche en cytosine méthylé mais je fais la différence entre biomol et biocell , comme pour les crossing over sur les K sexuels avec la BDR )

[Gollume]

Salut vous 3

Alors déjà j'ai trouvé ce post de levure sur le forum de biocell:

Dans 98% du génome, les ilôts CpG seront méthylés et donc on aura pas d'expression des gènes dans ces zones.

Dans les 2% restant, on va faire varier la méthylation pour réguler l'expression des gènes.
Si on ne méthylait pas l'ADN, au final tous les gènes s'exprimeraient et c'est pas ce qu'on veut, on veut avoir des cellules spécialisées donc avec un programme transcriptionnel bien précis

On a donc bien une méthylation de certains ilôts CpG
(chez l'homme, la méthylation de l'ADN se fait uniquement au niveau de ces ilôts CpG)

Ce qui m'embête avec ce que mariieyep dit :
"les îlots CpG qui ne sont pas methylés ni spécialement à risque "
Il y'a un petit soucis non ? Ou alors je n'ai pas compris ( désolée, je n'ai pas fait de biocell depuis un moment lol)

Sinon, j'ai cherché dans le poly 3, et il n'évoque pas du tout les îlots CpG, mais uniquement les "régions riches en cytosines méthylées", à propos desquelles il dit ceci :
"Dans les régions du génome riches en cytosines méthylées, le taux de mutations est plus élevé que dans d’autres régions (=point chaud) "

Dans le poly 2 il est seulement noté : "la méthylation de l’ADN au niveau des cytosines de dinucléotides CpG regroupés en série au niveau du promoteur des gènes (îlots CpG)", ce qui rejoindrait la réponse de levure en biocell

Je ne sais pas pourquoi dans l'item nous avion utilisé "ilots CpG", vu qu'il ne le mentionne pas dans la partie mutations du poly 3... ca m'échappe là lol !

Si mariieyep tu as raison, je pense que c'est plus important de retenir la version de biocell, et de retenir en biomol la phrase citée au dessus!

J'attends votre réponse pour la petite contradiction entre levure et mariieyep ! (j'ai surement mal compris, corrigez moi dans ce cas )

Bon courage a plus tard !

[mariieyep]

Alors je ne comprends pas vraiment la version de levure même s il doit avoir raison mais moi je me réfère seulement à la ronéo de cette année où il y a écrit ;
"Dans le génome normal, il y a 98% du génome qui n'a pas beaucoup de CpG et qui sont pour la plupart méthylés. Ces CpG sont essentiellement des séquences répétées[.. ]Ce sont des invasions/ parasites de l ADN sous forme de retransposons[..]. Nos gènes importants eux (environ 2%) s expriment fortement (ils ne sont pas methylés) et sont regroupés sous forme d îlots CpG . Attention : CpG (mauvais) =/= îlots CpG (bon)

Du coup je comprends plus trop ^^

[TORRM]

re!

En fait Ilots CpG et CpG c'est +/- pareil c'est juste une question de nombre .

Dans 98% du génome la fréquence des CpG est faible mais ils sont méthylé = hétérochromatine favorisé

Dans 2% du génome la Fréquence des CpG est plus forte = Ilots CpG, ces CpG là seront sous méthylé = transcription forte

Les CpG méthylés sont présent dans les séquences répétés du génome celle qui ne seront pas transcrite, séquence composé de transposon et de retrotransposon .

Apres en Biomol on dit que les CpG sont au niveau des promoteurs ce qui n'est pas compatible avec les CpG retrouvés dans les séquences répétés , donc moi je fais la différtence entre Ilots CpG CGCGCGCGCGCGCGCGCG et dinucléotide CpG AAATTTTTTCGTTTTAAAAA , mais je me trompe peut etre ..

Bref voyons si quelqu un nous dépatouille ... (cela dit c'est plus une question de Biocell..)

[Gollume]

Hola a todos

J'ai discuté avec votre tuteur de biocell Beezi ( ) et voilà ce qu'il m'a dit:

Pour moi c'est vrai litem "Dans les îlots CpG, le taux de mutation observé est moins élevé que dans d’autres régions du génome"
Les mutations elles vont avoir lieu sur les cytosine méthylés
les îlots cpg c'est des régions peu méthylés
Donc c'est pas un point chaud de mutation

Le point chaud de mutation c'est les CpG qui possèdent une cytosine méthylés

Les 2% ou t'as des îlots cpg ca correspond à des zones transcrite de l'euchromatine tu peux pas dire que c'est un point chaud de mutation
Si les mutations elles ont lieux dans la partie non transcrite on s'en fou
Mais si t'as les mutations qui vont agir préférentiellement au niveau des régions transcrites ca serait la merde de fou

Tout ca pour vous dire que vous avez raison, que cet item n'est pas a considéré en biomol et qu'il faut que vous reteniez pour la biomol que :
"Dans les régions du génome riches en cytosines méthylées, le taux de mutations est plus élevé que dans d’autres régions (=point chaud)" DONC on parle pas ici des "ilots CpG" mais des Cpg tout court .. Je pense que c'est suffisant dans le cours de biomol,
Quand vous travaillé le poly 3 ne vous embetez pas avec les 98%, 2% blablabla, laissez ça au cours de biocell hihi

J'espère etre claire ! Encore une fois je sais toujours pas pourquoi on avait utilisé le terme "ilots CpG" vu que le prof ne le mentionne pas ! Désolée

Buena serte

[TORRM]

Ok por mi !! Muchas grazias !!!

[mariieyep]

Super merci beaucoup je passe en résolu