NGS et transcriptome

[Le Chat]

Hello la Biocell

Je comprend pas pourquoi on peut utiliser la NGS pour étudier la transcriptome. Enfin si je comprend. Du moins je crois. Mais j'trouve ça plutôt faux. Je récapitule. On fait une réverse transcriptase d'un ARNm (par exemple) et puis on cherche l'ADNc dans le génome si j'ai bien compris. Sauf qu'on a des infos sur la présence de l'ADNc du coup mais pas réellement d'info sur l'expression du gène, donc c'est pas réellement une étude du transcriptome...

Peut être que j'ai mal compris le principe ? En tout cas c'est pas super explicite dans la ronéo

Merci d'avance

[HijiPyon]

Coucou !

En étudiant l'ADNc tu sais ce qui est exprimé et de ce fait ce qui est transcrit (vu que tu pars de ton ARNm à la base) et donc ton transcriptome indirectement, je pense

[Le Chat]

Merci d'avoir reformulé mon premier message E-Pigeon, quelqu'un pour répondre à la question maintenant ? #ca clllllaaaaaasssshhhh

Je rigole effectivement j'ai compris mais le truc c'est qu'étudier la présence d'un ADNc signifie que ton gène peut être transcrit mais tu sais pas s'il l'est la tout de suite, en quelles proportions, etc etc... Pour moi tu lis simplement une séquence d'ADNc parmi de l'ADN, c'est plus une étude génomique...

[HijiPyon]

Pas de ma faute si tu t'exprimes mal petit chaton

Ah oui je vois ce que tu veux dire, mais le but de la NGS c'est juste de séquencer et non pas de quantifier quelque chose il me semble. On veut juste savoir ce qu'il y a dedans, pour la quantité on va utiliser une autre technique je pense

[Le Chat]

Pas de ma faute si tu t'exprimes mal petit chaton

FUCK !

[HijiPyon]

Jvais t'appeler Chaton Grincheux maintenant

[MrCitron]

Olà

Alors le transcriptome c'est quoi? C'est l'étude de tous les éléments qui ont été transcrit donc tous tes ARNm.
Un ADNc c'est quoi? C'est un ARNm sur lequel on a pratiqué une reverse transcriptase, donc notre ADNc est totalement représentatif de nos ARNm et donc totalement représentatif de ce qui est transcrit.

Comme l'a dit HijiPyon le but de notre NGS n'est pas de quantifier mais de séquencer notre transcriptome du coup on s'en fiche pas mal des quantités présentes

C'est bon pour toi? Bonne journée

[Le Chat]

Non c'est pas bon Je comprend ton explication John (Lemon), mais ca me chiffone grave ! En effet, pour moi cette opération ne détermine en rien le transcriptome:

-Cette opération nécessite de posséder déjà l'ARN pour faire la reverse transcriptase. Donc le NGS ne détermine pas la présence de l'ARN dans la cellule, étant donnée qu'on sait qu'il est présent: on s'en est servi.
-Ensuite: On séquence le génome à la recherche de la séquence d'ADNc. Quand bien même elle serait présente, qui dit que c'est une région transcrite... ? Cette seule opération relève simplement de la génomique... (je trouve)

Fin voila... Je suis perplexe... Mais bon j'ai un minimum de bon sens donc je le cocherai V tout de même au concours ahahaha. Putain de P1

[PepL]

Hello !:)
En fait au tout début tu disposes de cellule et tu vas diviser ta colonnie et chacune de ses 2 parties tu vas les mettre en culture dans des conditions expérimentales différentes. Tu vas ensuite lyser tes cellules et récupérer l'ARN qui a été transcrit. Ensuite tu vas utiliser une resverse transcriptase pour obtenir de l'ADNc et donc tu pourras quels sont les gènes transcrits et dans quelles conditions.
C'est plus clair ?
Bon courage !

[Le Chat]

Bon bon bon je m'avoue presque vaincu... Je reste pas convaincu... Le transcriptome étant l'études des ARN, pour moi on est la dans de la génomique en faisant un séquençage... Ce que vous m'avez expliquée de plusieurs façons différentes, je l'ai bien compris, mais selon moi le NGS à proprement parler ne permet en rien cette étude: Certes on sait si notre ADNc est la ! Encore une fois je pense que vous êtes d'accord pour dire que cette simple opération relève d'une étude génomique ! Alors bon on localise notre séquence, peut être qu'ensuite on peut taffer dessus pour étudier l'épigénétique, la structure de la chromatine, étudier l'expression si elle s'exprime et dans quelles conditions, mais pour moi c'est hors NGS ça... Bon je reviendrai vous embêter avec ça pour la séance de révision si SDR il y a !

Bon week end la Biocell

[HijiPyon]

[PepL]

Haha tu en auras l'occasion alors, la SDR aura lieu le jeudi 26 Novembre en présence du Professeur !