Immunoprécipitations Incompréhensions

[HijiPyon]

Coucou !

J'avais posté un truc similaire l'an dernier, et en fait je m'aperçois que j'ai tjrs pas compris.

RC = Quantité PCR de l'Input / Quantité totale d'ADN
La quantité PCR de l'input = la quantité d'ADN avant l'immuno précipitation (Imput) après passage par la PCR ?
Du coup quelle est la différence entre la quantité totale d'ADN et l'imput ?

Merci beaucoup

[umoteck]

+1

[MrCitron]

Salut HijiPyon

Alors ce qu'on considère être la "Quantité PCR de l'Input" c'est bien la quantité d'ADN que tu récupèreras après le passage dans ta PCR, si tu veux récupéré qu'un seul variant d'histone (imaginons tu veux savoir la quantité qu'il y a dans ton ADN d'histones H2A), tu vas donc faire ta technique d'immunoprécipitation et ne récupérer que tes histones H2A, maintenant tu veux les quantifier alors comment fait tu? Bah tu fait le rapport entre la quantité d'H2A sur la quantité d'ADN total

C'est bon pour toi? Bonne journée

[HijiPyon]

Coucou!

Déjà merci pour ta réponse super rapide !

Mais en fait non, ce que tu viens de me dire ce serait pas plutôt le Rip = Quantité PCR de l'immuno précipitat / Quantité totale d'ADN ?
Parce que c'est dans l'immunoprécipitat qu'on a la modification recherchée non ? Alors que dans l'imput on a toutes les modifications, c'est à dire (pour moi) l'ADN de départ dans sa globalité...

Désolée et merci pour ta patience et bonne journée à toi aussi

[MrCitron]

Ah oui excuse moi je n'avais pas bien vu

En fait c'est toujours la même chose, imaginons que tu 4 brins avec 5 histones sur chaque brin, sur 3 de tes brins tu as 4 histones H2A (j'invente totalement) et sur ton 4ème brin tu as 2 histones H2A, tu auras donc un rapport de ((3*4)+2)/(4*5)
Pourquoi n'avons nous pas que notre variant recherché lors de l'immunoprécipitation? Parce qu'on n'a pas de brin avec 1 seul histone qui passe, on a donc forcément des parasites qui sont présent
Tu vois ce que je veux dire?

[HijiPyon]

Re!

Alors je vois tout à fait ce que tu veux dire merci !

Mais en fait c'est super flou pour moi... L'imput sont les fragment d'ADN avec la modification qu'on recherche + les autres modifications "parasites" qu'il y a sur les mêmes brins de chromatine alors que l'immunoprécipitat on a QUE la modification recherchée ?

Mais la quantité globale d'ADN (le dénominateur) c'est le même pour le Rip et le Rc ? Je pense que c'est ça qui me bloque dans la compréhension de la chose

Désolée vraiment, mais ça fait presque 2h que j'essaie de comprendre en vain

[MrCitron]

Non le dénominateur dépend de ta situation, c'est la quantité totale d'ADN que tu étudiais

Immunoprécipitat : tu diviseras pas la quantité totale d'ADN que tu as après l'immunoprécipitation
Input : tu diviseras pas la quantité totale d'ADN de départ

C'est bon pour toi?

[Surhya]

Salut à vous deux

Je me greffe sur ton post , j'ai les même incompréhension que toi... ainsi que quelques autres.

En fait de base il y a deux chose que je ne comprends pas:
A quoi sert-il de faire un immunoprécipitat de l'ADN?
A quoi correspond un "enrichissement de l'ADN"?

Ce serait un enrichissement en modifications d'histones?
Du fait du flou du pourquoi du comment, je ne comprends pas non plus la conclusion de cette expérience...

Merci de votre aide!!

[MrCitron]

Et bien l'immunoprécipitat de l'ADN c'est la quantité d'ADN que tu retrouve après avoir fait ton immunoprécipitation.
L'immunoprécipitation c'est quoi? C'est l'utilisation d'AC pour sélectionner tes protéines d'intérêt (ici les histones)
Un enrichissement c'est quoi? C'est lorsque tu trouves une quantité plus grande d'un type d'histone par rapport à un brin d'ADN que tu détermines comme référence (donc le même ADN mais dans des conditions différentes)

Pourquoi on fait tous ça? Parce qu'on veux voir dans quelle circonstances on retrouve quel type d'histone et essayer de voir si cet enrichissement à un rôle dans l'expression et le contrôle génique ou pas ^^

C'est bon pour toi? Bonne soirée

[Surhya]

Ca me parait clair

Merci gentil citron (y'a pas d'agrumes alors on fait avec les cucurbitacées .. )