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visualisation de l'immunoprécipitation


visualisation de l'immunoprécipitation

Messagepar Pandouille » 30 Oct 2015, 16:46

Hello ! :D (oui encore en post sur l'immunoprécipitation :mrgreen: )

Déja je précise que je me suis basée que la fiche de Rockfort d'il y a 2 ans pour comprendre ce mécanisme mais quelques interrogations subsistent :embarrassed:

On nous dit qu'on fabrique des Anticorps (Ac) spécifiques d'une certaine modification d'histone, qu'on fait notre immuno précipitation :
Création des complexes immuns = Anticorps + la modification de la chromatine associée, qu'on récupère ce qui a précipité et on enlève le surnageant.
"A ce moment on se retrouve donc avec notre ADN qui a précipité, c’est à dire plein de fragments de chromatine qui ont TOUS, entre autre la modification de la chromatine qui nous intéresse"

Pour cette première partie c'est tout bon :party:

Mais ensuite on nous dit que lors de la visualisation on fabrique une sonde de la région que l'on a immuno précipité, une autre pour l'Input (= contrôle). On compare la quantité de fluorescence sur l'une par rapport à l'autre :
Si c'est la même, notre gêne n'a pas été enrichit  il ne possède pas notre modification.

Mon problème se situe dans cette phrase, comment peut on avoir un gène qui n'a pas était enrichit alors que justement on a récupéré avant seulement l'ADN qui a précipité donc qui portait la modification post traductionnelle que l'on cherchait :moneymouth: j'aurais plutôt tendance à dire qu'il est forcément enrichit en fait, je comprends pas :starving:

Désolé pour ce long post et merci d'avance <3
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Re: visualisation de l'immunoprécipitation

Messagepar MrCitron » 02 Nov 2015, 11:59

Coucou Pandouille :)

Prenons un exemple simple, ton ADN total = 1000 personnes dans un supermarché
Dedans il y a 550 filles (et donc 450 garçons), les filles représentes ton fragment PCR, c'est à dire la modification que tu souhaites étudier.
:arrow: A partir de là tu peut calculer ton Rc = Quantité de fragment qui nous intéresse dans l'input / Quantité d'ADN total de la réaction = 550/1000 = 0,55

Maintenant tu envois un AC qui reconnait spécifiquement le genre féminin et tu vires tous les autres, certaines femmes viennent avec leurs enfants au courses, c'est pour ça que tu retrouve non pas 550 personnes dans ton immunoprécipitation mais par exemple 600 (les femmes et leurs enfants sont associés, ils viennent pas faire leurs courses tous seuls les pauvres gosses)
:arrow: Avec ça tu peut calculer le Rip = Quantité de fragment qui nous intéresse dans l'immunoprécipitat / Quantité d'ADN total de la réaction = 550/600= 0,92

Maintenant tu calcules ton facteur d'enrichissement F = Rip/Rc = 0,92/0,55 = 1,72
:arrow: Tu as un facteur d'enrichissement de 1,72 donc ton AC reconnait bien mieux les filles que les garçons (s'il avait été inf. à 1 cela aurait voulu dire qu'il reconnaissait aussi des garçons)
Je te l'accorde c'est une notion assez complexe, ne te prends pas la tête sur ces notions d'enrichissements, il faut juste que tu ai compris le principe général de l'immunoprécipitation :)

C'est bon pour toi? Bonne journée <3
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Re: visualisation de l'immunoprécipitation

Messagepar Pandouille » 02 Nov 2015, 12:11

Merci pour l'explication :in-love: :in-love:
Donc pour reprendre ton explication, le cas où on aurait pas d'enrichissement serait quand toutes les mamans viennent faire leurs courses avec leur petit garçon ? :handshake:
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Re: visualisation de l'immunoprécipitation

Messagepar MrCitron » 03 Nov 2015, 13:04

C'est ça ^^
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Re: visualisation de l'immunoprécipitation

Messagepar Pandouille » 03 Nov 2015, 13:44

Nickel :clap:
Merci beaucoup pour cette belle explication <3
Bonne journée ! :handshake:
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