Ronéo 3 p5 NGS preparation

[Camomille]

salut! A propos de la préparation des échantillons de NGS, le professeur précise qu'à l'étape de dénaturation on a de l'ADN simple brin hors d'après sa diapo (la nouvelle ), on voit des ADN doubles brins. C'est bien simple brin? Petite précision
Merci !

[Sow~]

Salut!


Est-ce que c'est de cette Diapo que tu parles? ^^

Si c'est bien celle-là, ce qu'il faut comprendre c'est :
Après l'étape de dénaturation, les fragments d'ADN génomique sont bien sous forme simple brin.
Après l'ajout des sondes de capture, on aura une hybridation ADN/ARN seulement avec les fragments d'intérêt (encadrés en bleu).
Quant aux fragments qui ne nous intéressent pas (encadrés en rouge), à mon avis, la Prof les a remis sous forme double brin car on sait justement que l'ADN est instable lorsqu'il est sous forme simple brin : il va donc chercher à s'hybrider avec son complémentaire.

Mais sinon, il y a bien une dénaturation qui rend l'ADN simple brin pour permettre l'hybridation avec les sondes de capture.

C'est bon?

[Camomille]

Oui tres bien merci beaucoup Sow

[clara4012]

bonjour !!

Désolée de ré-ouvrir ce post mais la diapo qu'a montrée Sow est celle qui me pose problème !
Je ne comprends pas pourquoi on se retrouve avec un seul brin d'ADN hybridé avec la sonde de capture alors que l'endonucléase de la 1ère étape nous a permis de se retrouver avec 2 brins (je ne sais pas si c'est très clair .. )
Pour moi ce serait logique que chaque sonde s'hybride avec un fragment et la on a 2 sondes pour un fragment
Merci d'avance de m'éclairer !!!!

[Sow~]

Coucou!


C'est pas vraiment l'endonucléase de la première étape qui nous a permis d'avoir de l'ADN double brin.
Notre ADN génomique au départ était déjà double brin.
L'endonucléase a juste permis de le fragmenter afin d'avoir de petits fragments d'ADN de 200 pb environ.

Et dans l'étape d'après, les sondes de capture ne se fixent que sur un des 2 brins de l'ADN parce qu'un seul brin nous intéresse pour la suite.
En effet, comme dans le séquençage classique (vu dans le Cours 2), un seul des 2 brins sera séquencé.
Séquencer les 2 brins n'est pas très "utile" puisque si on connait la séquence du 1er brin, on pourra toujours déduire la séquence du 2nd brin par complémentarité.

Est-ce que c'est plus clair?

[clara4012]

Oui merci pour ta réponse Bonne journée !!