NGS - Sonde de captures

[FlyingFortress]

Salut,

il y a un truc que je comprends pas dans le NGS, c'est comment les sondes de capture reconnaissent leur cible.

On nous dit que ce sont des "sondes ARN simple brin qui sont spécifiques des séquences qu'on veut séquencer"

or qui dit spécifique dit qu'elle sont complémentaire de... la région qu'on veut séquencer, donc INCONNUES.

C'est paradoxale ^^

ou alors on sait à peu prêt quand cest dans cette région qu'on veut ce gène et par chance on connait un petit bout ?

merciii

[Frontalier]

Ca reconnait pas les amorces qu'on connait ? au début et à la fin je crois

[FlyingFortress]

non gros, sinon tu sélectionnerai rien car ça prendrait au hasard dans toutes les parties du génome, puisque tout l'ADN est découpé et accroché au même code barre.

la seule explication c'est qu'on connait un minimum la séquence qu'on veut séquencer, mais bon, c'est paradoxal et c'est pas du tout expliqué dans la ronéo, mais peu être que les tuteurs ont la réponse !

[Sow~]

Hello!


Réponse de la Prof en personne :

Les sondes de capture sont complémentaires des régions de gènes que l’on veut analyser. Cela sous-entend que l’on connaisse la séquence du gène Wild-Type (non muté).
La présence d’un variant nucléotidique ne bloquera pas la reconnaissance "sonde de capture / ADN génomique". La région sera donc capturée puis séquencée.
Le séquençage permettra d’identifier le variant. Autrement dit la région à séquencer n’est pas totalement inconnue, on cherche à savoir si dans ces régions il y a ou non des variants pathogènes.

C'est plus clair?

[FlyingFortress]

super !

merci beaucoup