PCR EMULSION

[La Nissart]

Salut
Pour les étapes de la PCR en émulsion est ce qu'on peut dire que notre fragment d'ADN néo synthétisé se fixe sur la sphère pendant le 3eme cycle après la dénaturation ?

Est ce que le PCR en émulsion à lieu sur la sphère à partir du 3ème cycle ? C'est à dire que l'hybridation / l'elongation se fera à partir du primer de la sphère ?

Parce que du coup je vois pas très bien comment on obtient notre ADN DOUBLE BRIN sur la sphère, certe le brin 5'biotynyle est issu des étapes PCR mais l'autre vient d'où ?

Voilà je sais pas si c'est compréhensible mais je l'espère... Merci

[Sow~]

Coucou!


Je pense que c'est pas très rigoureux de parler de "3ème cycle" ou quoi par exemple parce qu'en fait, tout se fait en même temps.
La Prof nous avait répondu ça pour les étapes de la PCR en émulsion :

Toutes les étapes d’élongation sont concomitantes. Pour simplifier la compréhension les étapes sont décortiquées. Ceci il faut tout de même que les premières étapes se fasse pour que les brins d’ADN soient fixés sur les sphères.

Donc il faut juste retenir l'idée que les premières étapes de PCR ne se font pas fixé sur la sphère, mais pour les étapes d’après la PCR va pouvoir se faire avec un fragment d’ADN fixé sur la sphère.

Pour l'ADN double brin, le brin non biotinylé a été synthétisé lors de l'élongation par complémentarité :

C'est bon?

[La Nissart]

Pour le brin non biothinyle oui
Un éclaircissement sur la transition étape PCR/ sphère ne serait pas de refus mais si c'est trop pousser la compréhension c'est pas grave
merci en tout cas d'avoir demander à la prof

[La Nissart]

En fait c'est le fait de dire qu'après que les brins d'ADN soient mis sur la sphère, que la PCR se fait sur la sphère...

[Sow~]

Alors, voilà un schéma que j'ai trouvé (qui est la suite du schéma de la Fiche) et l'explication de la Prof qui va avec :

Après l’étape 9, il y a à nouveau une étape de dénaturation (10) : le brin synthétisé dans l’étape 9 à partir du primer de la sphère reste accroché sur la sphère et celui qui biotinylé est libéré.
Le processus recommence de façon concomitante :
Le brin biotinylé qui s’est détaché suite à la dénaturation va se refixer ailleurs sur un autre primer la sphère (11) et l’étape 8 recommence (correspond aussi à l'étape 12 sur le nouveau schéma).
OU
Ce même brin peut également être utilisé à l’étape 2 (dans ce cas-là, on a les parties rose et verte de l’amorce P1 qui s’hybrident sur notre brin) et on repart dans la succession des étapes 3 à 9. Un nouveau brin biotinylé est ainsi généré.
Il faut bien comprendre qu’après n cycles de PCR, tout ça se fait en même temps.

Après, sinon, il me semble que c'est toi qui m'avait posé une question hier au PV pour l'histoire du brin biotinylé qui se détache de la sphère :
Alors, en fait, même si après l'étape de dénaturation (à la suite de l'étape 9) on perd le brin biotinylé, au final, nos fragments fixés sur la sphère auront quand même une extrémité 5' biotinylée parce que les primers A (en rouge) qui se fixent sur notre brin d'ADN pour permettre l'élongation possèdent tous une biotine en 5'.
Donc à la fin, tous nos fragments resynthétisés par la polymérase auront bien une extrémité 5' biotinylée.

Est-ce que ça répond à tes questions?

[La Nissart]

D'accord ça y'est c'est beaucoup plus clair merci pour ton explication et d'avoir demande a la prof