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Elles n'ont pas la même fonction. La mono-ubiquitination a plusieurs rôles différents (Elle est impliquée notamment dans la signalisation cellulaire, la réparation de l'ADN, le marquage épigénétique de la chromatine ou la régulation de la localisation de certaines protéines.)
La poly-ubiquitination quant à elle, entraîne l'adressage de la protéine modifiée au protéasome pour dégradation.