Coucou
Alors ton raisonnement est pas mal mais let's go pour quelques explications :

Les deux organes principaux qui participent à l'élimination sont les reins et le foie. Comme tu sais au niveau des reins, et plus précisément au niveau du glomérule rénale, tu retrouves les pores (c'est d'ailleurs l'un des endroits rares de l'organisme on au retrouve ce mode de passage à travers des pores) et dans ses pores traversent de l'eau, favorisant le passage de molécules hydrophiles. Ainsi, surtout au niveau du rein qui est un organe excréteur +++, le franchissement de barrière biologique sera possible pour ces molécules, juste par un mode différent que celui dont on a l'habitude

Ensuite, il est vrai que par passage transmembranaire, une molécule hydrophile va être plus embêté qu'une molécule lipophile devant la barrière biologique. Cependant, l'élimination se fait à partir du sang et faut prendre en compte la distribution qu'il y a globalement derrière : une molécule lipophile va beaucoup plus se distribuer dans les tissus, et notamment dans la graisses, que les molécules hydrophiles, ainsi des molécules lipophiles t'en retrouvera moins dans la circulation sanguine. Donc oui en comparaison, les molécules hydrophiles vont galérer à traverser des membranes biologiques par passage transmembranaire, mais ils vont quand même y arriver globalement un peu plus rapidement que des molécules lipophiles qui se cachent dans les graisses et vont mettre plus de temps à repasser dans le sang et être ainsi éliminé (et après comme je t'ai dit il y a les pores et les médicaments lipophiles pourront très bien être éliminé au niveau des reins)
Est-ce que tu comprends mieux?
