Concernant la ronéo 2 page 19 avec le schéma d'amplification, je ne comprends pas pourquoi on voit des amorces différentes en 5' et en 3'? Ne sont-elles pas censées être identiques?
Merci
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NGS
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7 messages
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NGS
par manonra83600 » 07 Avr 2020, 18:38
Salut!
Concernant la ronéo 2 page 19 avec le schéma d'amplification, je ne comprends pas pourquoi on voit des amorces différentes en 5' et en 3'? Ne sont-elles pas censées être identiques?
Merci
Concernant la ronéo 2 page 19 avec le schéma d'amplification, je ne comprends pas pourquoi on voit des amorces différentes en 5' et en 3'? Ne sont-elles pas censées être identiques?
Merci
- manonra83600
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Re: NGS
par AnNévrisme » 11 Avr 2020, 16:22
Salut,
Alors non si tu reprends la ronéo 2 en page 15, juste après la fragmentation de l'ADN double brin on va ajouter des adaptateurs P1 qui iront en 5' du brin et des adaptateurs A + Barre codes qui iront en 3'.
Tous les fragments d'ADN de tous les patients sont désormais pourvu d'une extrémité 5' avec un adaptateur P1 et 3' avec un adaptateur A (les barres codes sont eux spécifiques à chaque patient).
Ensuite dans le microreacteur on aura deux séquences :
-une complémentaire à P1 (la verte) avec en plus une séquence identique à celle sur la sphère.
-une avec de la biotine dessus, complémentaire à l'adaptateur A.
Ces séquences vont ensuite s'hybrider tour à tour aux extrémités P1 puis A des fragments d'ADN et te servir d'amorce pour l'élongation comme on voit dans le schéma page 19.
C'est ok ?
Alors non si tu reprends la ronéo 2 en page 15, juste après la fragmentation de l'ADN double brin on va ajouter des adaptateurs P1 qui iront en 5' du brin et des adaptateurs A + Barre codes qui iront en 3'.
Tous les fragments d'ADN de tous les patients sont désormais pourvu d'une extrémité 5' avec un adaptateur P1 et 3' avec un adaptateur A (les barres codes sont eux spécifiques à chaque patient).
Ensuite dans le microreacteur on aura deux séquences :
-une complémentaire à P1 (la verte) avec en plus une séquence identique à celle sur la sphère.
-une avec de la biotine dessus, complémentaire à l'adaptateur A.
Ces séquences vont ensuite s'hybrider tour à tour aux extrémités P1 puis A des fragments d'ADN et te servir d'amorce pour l'élongation comme on voit dans le schéma page 19.
C'est ok ?
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Re: NGS
par manonra83600 » 11 Avr 2020, 18:17
Re! 
Alors oui j'ai bien compris les hybridations des primers sur les adaptateurs mais ce que je ne comprends pas c'est que page 15 on nous dit que tous les adaptateurs P1 se placent en 5' et que tous les adaptateurs A se placent en 3' donc sur le schéma, après la fragmentation, si j'ai bien compris, tous ces brins ont P1 en 5' et A en 3'? Ors page 19, sur le schéma avec le petit 1 et 2 on retrouve des fragments de patients avec en 3' P1 et en 5' A? Donc c'est ça que je ne comprends pas... j'espère que j'ai été assez claire
Merci !!
Alors oui j'ai bien compris les hybridations des primers sur les adaptateurs mais ce que je ne comprends pas c'est que page 15 on nous dit que tous les adaptateurs P1 se placent en 5' et que tous les adaptateurs A se placent en 3' donc sur le schéma, après la fragmentation, si j'ai bien compris, tous ces brins ont P1 en 5' et A en 3'? Ors page 19, sur le schéma avec le petit 1 et 2 on retrouve des fragments de patients avec en 3' P1 et en 5' A? Donc c'est ça que je ne comprends pas... j'espère que j'ai été assez claire
Merci !!
- manonra83600
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Re: NGS
par JugLululaire » 19 Avr 2020, 18:16
+1 Page 19 on parle des amorce P1 en 5' et sur Moodle il y a un bug qui fait qu'on à pas la version de la prof...
La hawaïenne c'est bon et beaucoup trop souscoté
https://www.youtube.com/watch?v=lNVe_1Eb5dw&t=1s
https://www.youtube.com/watch?v=lNVe_1Eb5dw&t=1s
-
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Re: NGS
par AnNévrisme » 21 Avr 2020, 11:40
Ah, sorry j'avais pas compris ça
Vous êtes pas mal à avoir posé la question
Je vous met ici un post sur lequel j'ai répondu à ça :
https://www.carabinsnicois.fr/phpbb/viewtopic.php?f=1725&t=142709
Cependant je pense que la question sera envoyée à la prof pour avoir une version officielle
Vous êtes pas mal à avoir posé la question
Je vous met ici un post sur lequel j'ai répondu à ça :
https://www.carabinsnicois.fr/phpbb/viewtopic.php?f=1725&t=142709
Cependant je pense que la question sera envoyée à la prof pour avoir une version officielle
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Re: NGS
par manonra83600 » 21 Avr 2020, 23:32
Merci, ça serait top que vous puissiez pauser la question à la prof
- manonra83600
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