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PCR/NGS

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PCR/NGS

Messagepar tiphaine.gonzalez » 01 Juin 2020, 09:27

Bonjour! j'avais une question par rapport aux methodes à utiliser en fonction de l'enoncé du qcm
Si on a la position exacte de la mutation est ce que c'est bien un PCR-RFLP?
Si on connait le gène mais pas la position exacte c'est une PCR puis séquencage
Et si on a plusieurs gènes et qu'on connait pas la position on fait une NGS
est ce que c'est bon ou est ce qu'il y a des erreurs?
Merci! :)
tiphaine.gonzalez
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Re: PCR/NGS

Messagepar AnNévrisme » 03 Juin 2020, 19:25

Coucou :)

Alors l'idée est là :) !!

Juste quelques petites précisions :

Si on a la position exacte de la mutation est ce que c'est bien un PCR-RFLP


En effet pour la PCR-RFLP il faut non seulement connaître la position et la mutation en elle même ex: c.1237 A>C mais il faut aussi que la maladie suspectée ai pour cause la mutation d'un nucléotide bien en particulier (la maladie est "toujours" causée par la mutation de ce nucléotide et pas un autre)

C'est à dire qu'il faut que les cas étudiés jusque là des patients atteints de la maladie présentent tous une mutation sur le même nucléotides +++

Ex typique à bien avoir en tête : l'achondroplasie

Pour certaines maladies plusieurs mutations sur différents nucléotides peuvent être responsable de la même maladie : à chaque fois c'est un seul nucléotide qui est muté mais chez chaque patients la mutation peut être a une position différente !

Ex: un patient X sera muté en c.1230 A>G et le patient Y atteint de la même maladie le sera par la mutation c.1340 T>C

Ex du cours : Syndrome de Wolfram

Pour ce type de maladie on emploi plutôt PCR - séquençage (selon le cours) car la mutation peut être à n'importe quel endroit du gène du patient et donc on ne peut pas sélectionner un site de restriction spécifique d'une enzyme étant donné que les possibilités de position sont trop grande (il faudrait employer toutes les enzymes reconnaissant un endroit du gène -> pas viable)

Si on connait le gène mais pas la position exacte c'est une PCR puis séquencage

Et si on a plusieurs gènes et qu'on connait pas la position on fait une NGS


Oui :)

+ Ex typique de NGS : Maladie de Charcot

Ps: les ex que j'ai donné sont dans le cours, donné par la prof et je pense que c'est bien de les avoir en tête pour avoir une idée des techniques
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Re: PCR/NGS

Messagepar tiphaine.gonzalez » 04 Juin 2020, 13:15

d'accord merci beaucoup pour la réponse ultra détaillé c'est parfait!!
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