Salut ! 
On reprend depuis le début :
1er degré : On a un atome de carbone relié à H en arrière (donc la molécule est déjà bien orientée pour trouver la configuration directement) qui est donc le groupement le moins priotitaire, et à 3 C (C0 à droite, C1 à gauche en rose et C2 en haut en rose également). Il y a donc indétermination au premier degré.
2nd degré:On a C0 relié à 3 C (1 par une simple liaison, donc 1 C "réel", et 1 autre par une double liaison, donc 2 C "fictifs") qui est donc prioritaire.
En revanche on a C1 relié à 1 H et 2 C ("réels" : C jaune et C orange), et C2 également relié à 1 H et 2 C ("fictifs" : C violet et C bleu). Il y a donc indétermination au niveau du 2nd degré également
(jusque là tu avais compris).
3ème degré :Pour C1 on a :-C jaune relié à 1 C et 2 H
-C orange relié à 2 C et 1 O
Pour C2 on a :-C bleu relié à 2 C et 1 H
-C violet également relié à 2 C et 1 H (puisque les 2 atomes sont équivalents).
On "additionne" et on trouve au final 3 C et 1 O pour C1 et 4 C pour C2.
Le O l'emporte sur le C et c'est donc C1 qui est prioritaire sur C2, le classement final est donc effectué. La suite tu la connais...
Pour répondre concrètement à ta question, j'aurais tendance à te dire qu'il faut prendre en compte les 2 C (orange et jaune) et en quelque sorte les ajouter. Dans le cas présent un O était présent du côté de C1 donc celui-ci était prioritaire dans tous les cas (puisque 1 O est prioritaire sur 100 C).
Cependant le professeur Azoulay ne vous fera jamais tomber un QCM de la sorte au concours (trop long et trop compliqué). Un QCM R/S s'arrêtera au 2nd degré grand max, donc pas de stress !
Si jamais la folie lui prend et que tu te retrouves face à ça au concours, fais tout le reste et reviens-y à la fin, mais tu verras avec l'entraînement que même ce type de QCM finit par se résoudre assez rapidement.
En espérant avoir répondu à ta question !
Bon courage ! 
