NGS complémentarité

[briolorgie]

Bonjour ! j'ai une petite question:

- 1ere étape du NGS
On dit qu'on ajoute des adapteurs (P1 en 5' et A en 3') (p5 ronéo) mais du coup je ne comprend pas le schéma de la prof qui a l"air de placer les P1 et les A des mêmes côtés peu importe le brin en question (alors que ça devrait être l'inverse à cause de l'asymétrie des brins 3'-5' ?) ?

merci !

[Stabilo'drey]

Coucou !

Je suis d'accord avec toi, effectivement on dirai que si l'adaptateur est placé en 5' sur un brin il sera en 3' sur celui d'en face.
Je vais poser la question à la prof donc je met ton post en attente.
Cela dit, la prof à bien préciser qu'elle ne ferai jamais de piège sur les adaptateurs P1 et A, c'est pas ça qui l'intéresse.

Je reviens vers toi quand j'ai une réponse

[briolorgie]

d'accord merci beaucoup !

[Stabilo'drey]

Coucou , la prof a répondu aux questions, je te met sa réponse ici :

Concernant les adaptateurs, on nous dis que les adaptateurs A se placent en 3’ et P1 en 5’. Sur cette image, les adaptateurs ont l’air d’être placés au même côtés sur les 2 brins, or vu que les 2 brins sont antiparallèles, si d’un côté l’adaptateur est en 3’, de l’autre il sera en 5’.
Pouvez-vous nous préciser pourquoi les adaptateurs sont placés de cette manière sur ce schéma ?

Il s’agit d’un abus de langage car pour un fragment d’ADN double brin on parle de l’extrémité 5’ pour la partie de gauche et de l’extrémité 3’ pour la partie de droite autrement dit le P1 se place à gauche et l’adaptateur A à droite.
Ce qu’il faut surtout retenir c’est qu’après fragmentation et ajout des adaptateurs avec un seul couple de primers il sera possible d’amplifier l’ensemble des fragments d’ADN.

C'est bon pour toi ?

[briolorgie]

Désolée je n'avais pas vu ta réponse ! c'est nickel merci !