Illumina PCR

[Guillaume83]

Salut
Lors de la pcr en ngs avec illumina
Si j'ai bien compris
On a un fragment d'adn on l'hybride et on fais son complémentaire
On le supprime pour garder le complémentaire car seul le complémentaire est associé sur la lame de verre de manière covalente
Après on fait pleins d'élongations
On garde que les brins sens donc les brins reverse des brins reverse
Et après on fait un séquençage avec une polymérase qui incorpore des nucléotides fluo
Donc les nucléotides fluo correspondent aux nucléotides complémentaires de notre brin sens donc au brin reverse nan ?
Pourtant dans le cours on a l'air de garder pour séquence finale celle des nucléotides fluo qui devrait juste être une séquences complémentaires de la séquences qui nous intéresse

[Stabilo'drey]

Bonchouuuur !

Euh oui je suis complètement d'accord avec toi, il doit me manquer un élément...
Peut-être que lorsqu'on enregistre la fluorescence on prend le nucléotide complémentaire de celui qui est ajouté...
Franchement j'en sais rien, je met ton sujet en attente et je vais poser la question à la prof

[Guillaume83]

Ça marche merci beaucoup
Ducoup je le passe pas en résolu pour l’instant ( je sais pas trop si il faut ou pas )
Merci encore

[Stabilo'drey]

Coucou, la prof a répondu aux question je te met sa réponse :

Chez Illumina, on précise que l’on ne garde que les brins sens pour faire le séquençage. Donc les nucléotides qui émettent une fluorescence correspondent aux nucléotides complémentaires. Or dans le cours on a l’air de garder cette séquence de nucléotides fluorescent comme notre séquence finale alors qu’elle est censée correspondre à la séquence complémentaire.
Pouvez-vous nous préciser comment on obtient la séquence directe ?

En NGS, le résultat correspond surtout à une liste de variants nucléotidiques qui différent entre une séquence de référence et celle du patient. Le traitement bioinformatique fait l’alignement et tient compte du sens de lecture

C'est bon pour toi ?

[Guillaume83]

Merci tu gères beaucoup
Bon je vais retenir qu’on s’en fiche un peu et que la machine fait le taf en comparant 2 séquences peut importe quelle soit sens ou complémentaire si j’ai bien compris