Coucou à toi jeune généticien en herbe 
Alors, j'essaie d'expliquer de façon simple :
Tout d'abord il faut savoir que la ligature insert + vecteur se fait par la ligase - donc ce n'est pas une étape spontanée.
Alors que l'hybridation des bases par complémentarité est une étape spontanée ++
tu comprends que si on a des extremités cohésives, la 1ere étape se fait toute seule, la ligase intervient que pour lier par liaison phosphodiester le vecteur et l'insert dans chaque brin.
Dans le cas d'extremités franches, on a pas la première étape entre les bases complémentaires..
Alors le vecteur il peut se renfermer sur lui-même sans intégrer l'insert - c'est pour éviter cela qu'on passe d'abord à la
déphosphorylation.comme tu vois dans l'image on enlève le P en 5' du vecteur pour qu'il puisse pas se renfermer.. (OH - OH ça ne marche pas)
Il pourra ainsi se renfermer qu'en présence du P de l'insert et de la ligase
of course.
Pourquoi on crée encore des bouts francs alors s'ils sont chiants ? Bonne question : je pense la réponse est que des fois on a besoin de certaines séquences de nucléotides spécifiques et qu'on peut utiliser que certains types d'enzymes et en plus il faut qu'elles soient compatibles avec le vecteur.. donc la réalité contraint des fois à des choix moins optimaux, alors on rattrape comme on peut avec la déphosphorylation et/ou les stratégies de clonage comme la nucléase S1 ou le Klenow...
Est-ce que j'ai répondu à ta question ? 
