ou coupent les carbopeptidases

[JB [18]]

Bonsoir à tous,

Tout est dans le titre. On s'est un peu embrouiller entre droite et gauche et entre les carbopeptidases et endopeptidases.

Ou coupent-elles ? à droite ou à gauche ?

[juju]

en faite pour couper les acides aminés d'une protéine, tu as:
- les exopeptidases qui vont couper les acides aminés placés aux extrémités de la protéine
parmis les exopeptidases, tu as:
*les aminopeptidases qui vont couper à droite de l'AA N-term
*les carboxypeptidases qui vont couper à gauche de l'AA C-term ( la carboxypeptidase A coupera à gauche de l'alanine,de l'isoleucine, de la leucine et de la valine si un de ces AA se trouve en C-term ; et la carboxypeptidase B coupera à gauche de l'arginine et de la lysine)

ensuite tu as les endopeptidases qui elles vont pouvoir couper à l'interieur meme de la protéine:
*la trypsine va couper à droite de l'arginine et de la lysine
*la chymotrypsine va couper à droite du tryptophane,de la tyrosine,de la phénylalanine,de la leucine et de la méthionine
*l'elastine va couper à droite de l'alanine,de la glycine et de la sérine

[JB [18]]

Ok, je pense avoir saisi la nuance :

exemple sur la protéine : ALIFE

si j'utilise la carbopeptidase A : sa me donne : /A/L/IE
et si j'utilise l'Elastine, j'obtiens : A/LIFE/

c'est sa ?

[juju]

pour l'élastine,je suis d'accord
par contre sur ton exemple, la carboxypeptidase A n'aurais pas d'action.une carboxypeptidase ne peut couper que l'AA en C-term, c à d celui tout à droite dans la sequence de la protéine.or dans ton exemple l'AA C-term c'est E, le glutamate et la carboxypeptidase A ne sait pas couper le glutamate donc elle ne coupera rien.

Par contre si tu as par exemple pour peptide SARA
* après action de la carboxypeptidase A tu obtiendrai : SAR/A/
Elle n'agira pas sur la 1ere Alanine puisqu'elle se trouve à l'intérieur de ta protéine, par contre elle va pouvoir couper à gauche de la 2eme alanine puisqu'elle est à l'extrémité C-term
* après action de l'élastine tu obtiendrai : /SA/RA/
l'élastine couperai à droite de la 1ere alanine, par contre elle n'a pas d'action sur la 2eme puisque l'élastine ne sait couper qu'à droite de l'alanine et ici, l'alanine étant l'AA C-term ,il n'y a plus d'AA sur sa droite donc plus de liaison peptidique à couper

[JB [18]]

Ok, je pense que je dois encore m'exercer pour être sur. C'est tout de même bizarre de couper une liaison peptidique en début.
Puisque dans SARA, de la manière dont je me représente les choses, les liaisons sont entre S et A, A et R, R et A

Tel que : S-A-R-A. Or puisque les endopeptidases coupent comme tu l'as montré : /SA/RA
Cela signifie qu'il y a une représentation comme celle-la : -S-A-R-A- ?

[Ludo.]

Alors ATTENTION, petite rectification : c est pas élastine mais ÉLASTASE

Ensuite tu représentes bien : S-A-R-A ; pas de liaison peptidique au début ca veut rien dire !!
Élastase coupe a droite de A, G, S
Donc on obtient 3 parties : S,A et R-A

[juju]

en faite je te l'ai représenté comme sa /SA/RA/ pour isoler les 2 peptides que tu obtenais après la coupure, les "/" ne représenté pas les différentes coupures...
les liaisons peptidiques sont bien la ou tu les a mises: S-A-R-A (il n'y en a pas avant le S ou après le deuxieme A ;sa n'aurai aucun sens ) , et l'élastase coupera celle entre A et R

[jenny06]

Bonsoir,

Je voulais vérifier avec un exemple parce que j'ai un petit doute...

Si on prend par exemple ce peptide: A-V-A-F-M-G
Et qu'on fait agir de l'Elastase, alors après son action est-ce que ça donne bien ça:

A-V-A/F-M-G ?

Merci !!

[loliota26]

pour l'élastine,je suis d'accord
par contre sur ton exemple, la carboxypeptidase A n'aurais pas d'action.une carboxypeptidase ne peut couper que l'AA en C-term, c à d celui tout à droite dans la sequence de la protéine.or dans ton exemple l'AA C-term c'est E, le glutamate et la carboxypeptidase A ne sait pas couper le glutamate donc elle ne coupera rien.

Par contre si tu as par exemple pour peptide SARA
* après action de la carboxypeptidase A tu obtiendrai : SAR/A/
Elle n'agira pas sur la 1ere Alanine puisqu'elle se trouve à l'intérieur de ta protéine, par contre elle va pouvoir couper à gauche de la 2eme alanine puisqu'elle est à l'extrémité C-term
* après action de l'élastine tu obtiendrai : /SA/RA/
l'élastine couperai à droite de la 1ere alanine, par contre elle n'a pas d'action sur la 2eme puisque l'élastine ne sait couper qu'à droite de l'alanine et ici, l'alanine étant l'AA C-term ,il n'y a plus d'AA sur sa droite donc plus de liaison peptidique à couper

Après l'action de l'elastine on a pas S/A/RA ?? puisqu'elle cou à droite de S aussi?

[Ludo.]

oui c'est ca

[jenny06]

Euh, ludo tu répondais à moi ou à lolita26 ? ^^"

[Ludo.]

oui pour lolita,
pour jenny tu obtiens A / V-A / F-M-G
Bonne soirée

[Xavi-o6]

Voilà, en lisant ce sujet j'ai eu beaucoup de réponses mes questions seulement j'ai encore un mini doute, quand vous dites N-term et C-term vous parlez respectivement du début et de la fin de la chaine, c'est bien ca ?

On aura donc par exemple pour la carboxipeptidases A, une section de la chaine a gauche du dernier AA si celui-ci biensur est un A,I,L ou V, c'est bien ca ?

Merci pour vos réponses

[juju]

oui c'est bien sa.
N-Term c'est l'AA tout à gauche (au debut de la séquence de la protéine) et C-Term l'AA tout à droite (à la fin)

[MorganD]

salut à tous!

concernant ce qu'a dit ludo pour SARA et AVAFMG, l'élastase étant une endopeptidase, elle n'est pas censée ne pas pouvoir couper les liaisons peptidiques S-A et A-V puisqu'elles sont toutes les deux en N-term des protéines...?

on obtiendrait S/A/RA et A/VA/FMG seulement après l'action de l'élastase ET d'une aminopeptidase non?

[jenny06]

Oui voila moi c'est comme MorganD je comprends pas pk l'élastase seule coupe A à droite pk l'élastase c'est bien une endopeptidase non ? Cad qu'elle ne coupe pas si elle l'AA est à coté du C-term ou N-term ?

[Ludo.]

Non les endopeptidases peuvent couper aussi a droite en Nterm ou a gauche en Cterm, si on a des aa qui correspondent à leurs propriétés !
C'est comme ca