Méthodes des bols

[Flooo]

Bonsoir, après avoir repris plusieurs fois le cours je ne comprends toujours pas la méthode des bols pour trouver le pHi.
En fait, j'ai du mal à comprendre comment trouver quelle forme prédomine et comment savoir à quel moment c'est le NH2 qui gagne un proton ou le COOH qui le perd?
Merci de votre aide!

[jimounet]

moi aussi ça m'a traumatisé en p1...
en milieu acide ==> forme protoné COO- ==> COOH et NH2==> NH3+
mileu basique ==> vis versa

ensuite pour les chaines latérale c'est pareil
et pour savoir si tu dois mettre des forme protonée ou pas regarde par rapport au pka des chaines latérales et du COOH et NH2 de ta chaine principale



cf wikipedia (un bonne ami mais pas toujours atention)
http://fr.wikipedia.org/wiki/Acide_amin%C3%A9

L'ionisation varie avec le pH : les acides aminés existent, en solution aqueuse, sous 3 formes possibles :les acides aminés contiennent un groupement carboxyle -COOH acide et un groupement amino -NH2 basique. En solution, ces groupements existent sous deux formes, l'une chargée, l'autre neutre :

R-COOH ; R-COO- + H+

R-NH3+ ; R-NH2 + H+

a) En milieu acide (pH<pHi): La fonction amine s'ionise en captant un proton et la dissociation du carboxyle est inhibée. L'acide aminé se trouve sous forme de cation.

b) En milieu basique (pH>pHi): La fonction acide s'ionise en libérant un proton, la base du milieu bloque l'ionisation du groupement amino. L'acide aminé se trouve sous forme d'anion.

c) Le pH pour lequel les 2 dissociations s'effectuent est appelé point isoélectrique : ou pHi. À ce pH, on a un ion de charge nette nulle, donc ne migrant pas dans un champ électrique.

[juju]

pour trouver la forme qui prédomine,il faut que tu vois à quel pH tu te trouves et les différents pKa de ton AA, pour savoir si ton pH et > ou < à ceux ci.
donc tu as pKa COOH=2 et pKa =9.6 et les pKa des chaines lat ionisables qui sont notés sur la fiche
à pH<2 la fonction carboxyle est sous la forme protonée COOH et la fonction amine sous forme NH3+
à pH>2 la fonction carboxyle perd son proton et sera sous la forme COO-, la fonction amine reste sous forme NH3+ puisque ton pH est supérieur au pKa(cooh/coo-) mais inférieur au pKa(nh3+/nh2)
et à pH>9.6 elle perds son proton et est sous la forme NH2 car pH> pKa (nh3+/nh2) ...

donc à pH<pKa tu as la forme protonée de la fonction et à pH>pKa la forme deprotonée

j'espere que ca t'aide

[Flooo]

Oui c'est plus clair merci beaucoup. Et pour les protéines comment savoir quels pKa il faut prendre en compte ou pas svp?

[Ludo.]

Alors pour les PROTÉINES, la méthode est la même :
1° On compte le nb de fonction ionisable dans la protéine (chaine LAT des aa ionisables, et fonction amine en N-term, et fonction carboxyl en C-term

2° on dessine autant de bol que de fonction ionisable.

puis apres c est comme pour les aa

[Flooo]

d'accord je vais voir ca merci beaucoup

[Jeanne]

Hey!
En fait moi j'ai plus de problèmes au niveau de plusieurs AA pour la méthode des bols...
Ce qui me bloque c'est la chaîne latérale, comme savoir si elle gagne ou perd un proton si on ne la "connaît" pas. (NH2 et COOH étant assez ""connu"")
Ce serait possible de nous faire un exemple du style K R Y C H ?

Merci beaucouuuup !

[Ludo.]

Salut,
lis ca : viewtopic.php?f=40&t=9243

[Jeanne]

Yeap déjà lu mais bizarrement 3 pkA me semble évident!
Mais plus, non.
Bref je pense qu'après 1h de forcing j'ai enfin compris, merci quand même