Calcul du PHi

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Bonjour,
Je ne comprends pas très bien comment trouver les différentes formes ionisées d'un acide aminé ou d'un peptide et comment trouver toutes les charges d'un peptide lorsque l'on doit calculer le PHi ?
merci

[Debo]

Chaque fonction ionisable peut exister sous 2 formes : acide ou basique.
(La forme acide a le plus d'atome d'hydrogène H.)

Après, tout dépend de ta fonction.
Pour les plus courantes (présentes dans tous tes AA) :
(forme acide/forme basique)
- la fonction amine NH3+/NH2
(pour la proline NH2+/NH)
- la fonction acide carboxylique COOH/COO-

Pour les AA à chaîne latérale ionisable neutre :
- pour Y : OH/O-
- pour C : SH/S-

Pour les AA à chaîne latérale ionisable acide :
- pour D et E : COOH/COO-
(fonction carboxylique comme celle commune à tous les AA, mais le pKa est différent)

Pour les AA à chaîne latérale ionisable basique :
- pour K : NH3+/NH2
- pour R : NH2+/NH
- pour H : NH+/N

Le pKa d'une fonction ionisble est le pH pour lequel la moitié des molécules présentes a cette fonction sous sa forme acide et l'autre moitié l'a sous sa forme basique.
En dessous du pKa, tu la trouveras majoritairement sous sa forme acide et au-dessus majoritairement sous sa forme basique.

Par exemple, la glycine existe sous 3 formes :
- aux pH les plus acides, forme I : NH3+ et COOH
- après avoir passé pH = 2,3, forme II : NH3+ et COO-
- après avoir passé pH = 9,6, forme III : NH2 et COO-

pH = 2,3 est le pKa de la fonction acide carboxylique (donc on passe de COOH à COO-)
pH = 9,6 est le pKa de la fonction amine (donc on passe de NH3+ à NH2)

- dans la forme I, la charge nette est +1 (NH3+ = +1 et COOH = 0)
- dans la forme II, la charge nette est 0 (on dit que pH = pHi quand l'AA a une charge nette nulle)
- dans la forme III, la charge nette est -1

Pour calculer le pHi, tu fais la moyenne entre le pKa avant et celui après ta forme où la charge nette est nulle.
Pour la glycine, c'est facile, tu n'en as que deux. pHi = (2,3 + 9,6)/2 = 5,95

Pareil pour l'alanine (voir fiche) et tous les AA à chaîne latérale non ionisable (qui n'ont que deux pKa).
(On peut te donner une autre valeur de pKa comme 2,1 ou 2,2 au lieu de 2,3 mais il suffit de changer ton calcul.)

Pour les AA à chaîne latérale ionisable (D E K R H C Y), tu as un 3° pKa.
Tu as donc 4 formes.
Mais c'est pareil : tu dessines tes 4 formes, et une flèche pour passer de l'une à l'autre.
Au-dessus de chaque flèche, tu mets le pKa d'une de tes fonctions et tu les mets dans l'ordre croissant.

Mais un tuteur de bioch' t'expliqueras ça demain, parce qu'à l'écrit, c'est long à lire et plus dur à comprendre.
Au moins, tu as compris le principe (j'espère).
Regarde le sujet "Méthode des bols" (KINDER), peut-être que tu comprendras !
(Tu ne dois surtout pas dessiner les différentes formes du peptide, juste marquer les charges à pH très acide.)
Mais je ne sais pas si ce sera si facile. (si tu trouves pHi = 6,95 et +1 à pH = 10, t'as compris !)

Les pKa des chaînes latérales ionisables (ils seront toujours donnés dans le qcm) :
- D 3,9
- E 4,3
- K 10,5
- R 12,5
- H 6
- C 10,8
- Y 10,1


Bonne chance !

++

[P-A]

Salut! Le pKa des chaînes ionisables, c'est toujours le pKa le plus élevé de ceux qu'ils nous donnent?

Genre Arginine : 2,3 / 9,5 / 12,5 on prend 12,5 ? (enfin, surtout, pourquoi on prend lui ?)

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merci pour ta réponse!!! j'ai compris et j'ai réussi à faire l'entraînement mais comment P-A je ne sais pas quoi choisir quand il y en a plusieurs, du coup j'arrive pas à faire KINDER....

[123]

je pense avoir compris P-A (mais je suis pas sûre!!! il faudrait qu'un tut confirme...): qd t'as plrs pka tu prends le pka selon que ton aa soit neutre, acide ou basique: ex: pour D et E acide tu prends le pka du milieu: 4 et 4,3, pour R et K basique tu prends le dernier pka: 12,5 et 10,5, je pense qu'ils sont classés: neutre-acide-basique... mais bon je suis vraiment pas sûre!! c'est juste un truc que j'ai remarqué...!

[Loulou nissart]

Salut,

Les pKa sont toujours marqués dans l'ordre croissant.
Quand on vous donne les pKa des AA à chaîne latérale ionisable, on prend celui du milieu pour D E et H
et le dernier pour R et K.

Dans les pKa, il y aura toujours donné ceux de la fonction carboxylique( pKa= 2,3) et amine( pKa= 9.6) pour tous les AA, donc le pKa qui diffère sera celui de la chaîne latérale

R: 2.3/9.6/12.5
K: 2.3/9.6/10.5

D: 2.3/3.9/9.6
E: 2.3/4.3/9.6
H: 2.3/6/9.6

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ok merci beaucoup!!! j'ai tt compris!!