calcul du PHi d'un peptide et sa migration a ph physio

[twix]

coucou, vous pouvez m'expliquer comment calculer le PHi du peptide HERADIN, et comment connaitre sa migration a PH physio??? Merci d'avance

[Baracouda]

je me lance
alors enfinte pour calculer le phi d'un peptide il faut savoir combien d'acide aminé composant ce phi sont ionisable. Dans ta liste 4 a.a sont ionisables ( H, E, R, et D ) . Après t'utilise la méthode des bols et tu fais autant de bol qu'il n'y a de pk différents ( à savoir 6 ici ) car normalement si je ne me trompe pas en + de tes 4 a.a ionisable tu rajoute les fonctions NH3+ et COOH ( donc ce qui fait 6 )
Après tu place sous chaque bol la valeur des pk dans l'ordre croissant ou décroissant et tu compte le nombre de charges. Ici dans l'ordre croissant la valeur des pk est donc de 2,0 puis 3,9 puis 4,3 puis 6,0 puis puis 9,5 puis 12,5 donc tu place chacune de ces valeur sous un bol
Après tu te place a un ph inférieur a 2 et tu compte le nombre de charge. Ici si je ne me trompe pas pour un ph<2 tu a 3 charges positives. Apres sur chaque branche des bols tu réduis la charges ce qui fera +3, +2, +1, 0, -1, -2 et pour finir -3
Tu prend ensuite les 2 valeurs des pk à coté de 0 que tu additionne entre elle et que tu divise par 2. Ici ( si je me trompe toujours pas ^^ ) sa donne phi=(4,3 + 6,0 )/2 = 5,15

Voila pour le phi concernant la migration je ne pourrais pas te répondre car j'en est pas la capacité ^^. Cependant attend la confirmation d'un tuteur

[twix]

je pense que ta tout bon baracouda, en tout cas g bien compri ton explication. pour ce qui de la migration je pense qu'a PH physio le peptide est chargé -1 (entre 6 et 9) dc il migre vers l'anode. bref mercii pour ton aide

[marquito]

Tout est bon

[Half]

Concrètement quand peut on dire qu'un AA est ionisable ? Combien en existe-t-il alors ? A priori vu de monde cours je dirais 7 mais je ne comprends toujours pas pourquoi (je dis 7 car on a 7 AA* avec trois pka différents mais j'imagine que y'a une raison à cela).

*Du moins sur mon cours.

[BlackJesus]

Salut;

Tous les AA sont ionisables car ils possèdent tous le radical commun NH3+-CH-COOH, mais seulement 8 sont ionisables sur leur chaine latérale a cause de la présence d'une fonction pouvant subir cette ionisation ( c'est effectivement ceux avec un pka sur la chaine latérale)

J'espère que cela répond a ta question !

[marquito]

J'ajoute juste que la W et la C font quand même partie des AA polaires non chargé car à pH physio leur chaîne radicale n'est pas ionisée.

Ensuite je vois aussi 7 AA ionisables : W, C, D, E, H, Y, K

A moins que j'en ai loupé un !!

[Baracouda]

Moi aussi je vois seulement 7 acides aminés ionisables seulement je crois bien que le W ( tryptophane ) n'est pas ionisable ( sur sa chaine latérale beinsur ^^ ) et que de ce fait le 7eme aa ionisable serait R ( arginine )

[BlackJesus]

W et la C font quand même partie des AA polaires non chargé

W AA polaire ? c'est pas plutôt apolaire ?

Et effectivement c'est bien 7 me suis trompé mais moi j'ai : YCDEHRK

[Baracouda]

T correspond a la thréonine or d'après le cours que je possède ce n'est pas la thréonine qui serait ionisable mais bel et bien la tyrosine et donc ce qui donnerait :
C Y D E H R K

[marquito]

En effet c'est pas bon de faire plusieurs choses à la fois (l'excuse bidon )

AA ionisables sont : Y, C, D, E, H, R, K

Je pense que c'est bon maintenant