Pour ta 2ème question, il appelle structure tridimensionnelle la structure primaire + secondaire + tertiaire + quaternaire

C'est à dire tout ce qui fait la forme de la protéine, c'est le niveau auquel on se place qui change :
S. Primaire

c'est la nature des AA qui compose la chaine peptidique et leur enchainement (chacun à une forme différente, des groupements différents, une longueur différente,...)
S. Secondaire

ce sont des structures LOCALES que prend la chaine peptidique : elles ne concernent qu'un région de la chaine et se sont souvent des répétitions de motifs pour former des hélices alpha ou des feuillets béta
S. Tertiaire

c'est la forme globale de la protéines : est-elle globulaire, fibreuse,... Son aspect si tu veux en prenant en compte l'ensemble des différentes structures secondairs
S. Quaternaire

ça ne concerne que les protéines oligomériques : c'est le nombre de chaines peptidiques, leur nature (les mêmes ou différentes?) et leur agencement
Voilà ! C'est plus clair ?