Sequence consensus

[Skiini]

Bonjour, j'ai pas compris ce qu'était exactement une sequence consensus.. Est ce juste un nom qu'on donne pour des séquence qui interagissent avec le site de reconnaissance ?

D'ailleurs je ne comprend pas le premier paragraphe de la ronéo 10 on nous dis que les aa T,S et Y sont toutes placées dans des sequences consensus, et quelques ligne plus bas, on voit que les sequences consensus interagissent avec le site de reconnaissance de l'enzyme alors que le groupement phosphorylé de T, S et Y est quand a lui au contact du site catalytique..
Pourtant, T, S et Y font bien parti des sequences consensus non?

edit : Derniere question.. c'est quoi exactement la faible ou haute capacité, c'est lié a Km mais ca représente quoi?

Merci pour l'aide

[Dawn]

Coucou !

Moi aussi je bug un peu, mais je peux peut être déjà t'aider un peu en attendant l’éclaircissement d'un tut':

- une séquence consensus est une séquence spécifique, spéciale, précise en gros ici on te dis que les trois aa qui nous intéressent ne sont pas placés n'importe.

- ces séquences vont être le support de la spécificité de la réponse --> une fois que nos aa seront phosphorylés ils vont moduler l'activité enzymatique

Ces séquences consensus intéragissent avec le site de reconnaissancede l'enzyme laors que le groupement phosphorylé de sérine, thréonine ou tyrosine sera quant à lui au contact du site catalytique.

pour moi aussi ce passage est un peu flou

Mais voilà ce qui pourrait être l'explication:
en fait les séquences consensus sont au niveau du site actif. Dans ces séquences consensus certaines vont faire partie du site de reconnaissance et d'autres vont contenir la S, T ou Y --> elles vont correspondre au séquences consensus se trouvant au niveau du site catalytique.

En résumant on aurait:
SA = plusieurs séquences consensus = pas n'importe quelle séquence = site de reconnaissance + site catalytique
--> certaines séquences correspondent au site de reconnaissance
--> les séquences contenant S, T ou Y (phosphorylés) sont les séquences consensus correspondantes au site catalytique.

Voilou, j'espère que c'est bon et que ça aura pu t'aider un peu

[Skiini]

Pourquoi pas, c'est possible merci !

Je retiens ca pour le moment, y a plus qu'a confirmé ca par un tut, et une reponse a mon autre petite question

[Dawn]

edit : Derniere question.. c'est quoi exactement la faible ou haute capacité, c'est lié a Km mais ca représente quoi?

Qu'est ce que la capacité ?
c'est en rapport avec la quantité qui est susceptible d'être captée

Qu'est ce que Km ?
c'est l'indicateur de l'affinité de l'enzyme pour le substrat
plus Km sera faible, plus l'affinité de l'enzyme pour son substrat sera fort
Pourquoi ?
petit rappel : Km définit l'étape de dissociation du complexe ES --> elle est donc le reflet de la capacité de dissociation du complexe

Quel est le rapport entre la capacité et Km ?
comme on l'a vu Km définit l'affinité mais ça nous donne aussi une indication sur la capacité car en fait l'affinité varie en sens inverse de la capacité donc:
- si Km est fort --> l'affinité sera faible --> la capacité sera forte
- si Km est faible --> l'affinité sera forte --> la capacité sera faible

Or comme Km est la constante de dissociation, si elle est faible l'enzyme et le subtrat se kifferont trop et auront du mal à se séparer, ils ont une trop bonne affinité, même dans noyé dans la foule ( en bioch' on parlera de faible concentration ) l'enzyme arrivera à chopper son substrat car elle l'aime trop !!! MAIS du coup elle ne va pas pouvoir s'occuper de beaucoup de monde en même temps ... elle aura donc une faible capacité.
Et vice et versa

Voilou, j'espère que c'est bon et que ça pourra t'aider

[Skiini]

Parfait maintenant je sais presque ce qu'est la capacité, avec en prime un petit rappel sur Km Juste une petite synthese :

Donc en gros avec un km faible :

- C'est pratique parceque l'affinité est forte, donc [ES] apparait rapidement, et l'ordre 0 est vite atteint, bien sur si [S] >> [Et]

- On aura une capacité faible, donc du coup le complexe ES mettra du temps a devenir E + P (a se séparer de S), de ce fait la réaction sera lente, et c'est la que je trouve ça louche en gros je viens de dire que si Km diminue, la vitesse de réaction diminue, soit Vr. Pourtant dans la formule c'est inversement proportionnel.. ! Ou alors j'ai mal compris et la capacité ne joue pas sur la transformation de ES en E + P, mais plus sur la valeur de K-1, c'est a dire le fait de dissocier le substrat de l'enzyme ? k1 augmenterait et k-1 diminuerait ? Ca ce serait logique !

J'espere que tu as compris mon bloc

[Dawn]

- On aura une capacité faible, donc du coup le complexe ES mettra du temps a devenir E + P (a se séparer de S), de ce fait la réaction sera lente, et c'est la que je trouve ça louche en gros je viens de dire que si Km diminue, la vitesse de réaction diminue, soit Vr. Pourtant dans la formule c'est inversement proportionnel.. ! Ou alors j'ai mal compris et la capacité ne joue pas sur la transformation de ES en E + P, mais plus sur la valeur de K-1, c'est a dire le fait de dissocier le substrat de l'enzyme ? k1 augmenterait et k-1 diminuerait ? Ca ce serait logique !

alors oui il faut se rappeler que Km est la constante qui défini l'étape qui va de:

E + S ⇌ ES où effectivement on a les constante k₁ et k_-1

C'est donc bien en rapport avec la dissociation de E et de S car il ne faut pas oublier que l'on néglige k₂ qui est petite ce qui nous donne :
Km = k_-1/k₁

C'est bon ?

[Skiini]

Nickel Plus qu'une petite confirmation d'un tuteur pour la première
Bonne fin de journée !

[Alistair]

Slt ! Je vais reprendre un peu tout ça car il y a des erreurs :

1) Qu'est-ce qu'une séquence consensus ?
C'est une séquence d'AA, courte qui va être reconnu par une enzyme
Ex des protéines kinases : Ce sont des protéines capables de phosphoryler des protéines au niveau de résidus S,T,Y. Ces kinases ne peuvent pas phosphoryler n'importe quel résidus S,T,Y... Il faut phosphoryler le ou les résidus qui vont permettre la régulation de la protéine phosphorylée (ex: les sérine 14 de la GP).
Comment on distingue LE résidu à phosphoryler des autres?
la kinase reconnait non pas le résidu S,T,Y seul mais les résidus S,T,Y placés dans une séquence d'AA particulière !
Ex : X-X-Tyr-X-X ou les X sont des AA bien définis. Par ex, la PKA phosphoryle des Sérines ou des Thréonine inclues dans une séquence de type Arg-Arg-X-Sér/Thr (X est n'importe quel AA).
On appelle ces séquences, les séquences consensus : elles sont reconnues par le sites de fixation de l'enzyme et le site catalytique va agir uniquement sur la Sérine/Thréonine/Tyrosine présente dans la séquence consensus !

2) Capacité / Affinité, c'est quoi ?

Le transport facilité du glucose grace aux GLUT est similaire à une réaction enzymatique :
GLUT + Glucose (extracellulaire) <=> complexe GLUT/Glucose <=> GLUT + Glucose (intracellulaire)

Cette réaction possède :
- un Km = affinité de GLUT pour le Glucose
- une Vm = capacité de transfert du Glucose par GLUT
Ces deux grandeurs sont indépendantes les unes des autres.
Dawn, la notion d'affinité et de capacité ne sont pas liées car certes plus le Km est faible plus le glucose est heureux d'être avec son GLUT, mais si ce GLUT a une Vm élevée, il va quand même très vite faire passer du glucose à l'intérieur de la cellule !

Ex de GLUT4 : Faible Capacité (faible Vm) mais Forte Affinité (faible Km)
Pour atteindre une vitesse x de transport de glucose dans les muscles/coeur/TA, il faut peu de glucose ! C'est totalement adapté pour capter le glucose dans le sang lors de l'hyperglycémie post prandiale (qui n'est jamais très importante)
La Vm sera atteinte pour des concentration en glucose pas si importante ! GLUT4 est facilement saturable

Ex de GLUT 2 : Faible Affinité (fort Km) mais Forte Capacité (faible )
Pour atteindre la même vitesse x de transport de glucose dans le foie ou les cellules béta, il faut bcp de glucose ! C'est adapté pour capter la très grande quantité de glucose qui arrive au foie par la veine porte
La Vm sera atteinte pour des concentrations très haute, GLUT 2 est difficilement saturable !

La formule est la suivante : Vr = (Vm x S) / (Km + S)
Je vous rappelle aussi que k1 et k-1 NE VARIENT PAS !! Ce sont des CONSTANTES de vitesse ^^

Regardez ce graphe, on l'on compare la cinétique de GLUT2 et GLUT1 (GLUT1 a une cinétique similaire à GLUT4):

Capture d’écran 2012-10-26 à 21.53.56.png (34.52 Kio) Vu 1373 fois

ça va mieux ?

[Dawn]

Merci beaucoup pour cette réponse super complète

Juste une précision:

Ces séquences consensus intéragissent avec le site de reconnaissancede l'enzyme laors que le groupement phosphorylé de sérine, thréonine ou tyrosine sera quant à lui au contact du site catalytique.

ce passage, comment doit-on l'interpréter ?

Merci d'avance

[Alistair]

Ben disons que le site de reconnaissance va reconnaitre l'ensemble de la séquence consensus X-X-S/T/Y-X-X mais le seul AA qui va entrer en contact du site catalytique est le résidu S/T/Y car c'est le seul qui va être phosphorylé !

[Dawn]

Parfait, merci beaucoup

[Skiini]

Merci Alistair pour cette magnifique réponse

Edit: Je bute sur quelque chose quand même..

La prof en cours avait bien dit : Km elevé, l'affinité est faible, et donc la capacité sera forte..
En gros, que les deux étaient liés, mais ce que tu dis la contredis
En regardant sur internet (je sais c'est pas forcement le bon plan, mais si on trouve une reponse sur plusieurs site sans en trouver une autre qui la contredit, en général c'est la bonne ! ) on nous dit que si km faible, alors l'affinité sera forte (la capacité a lié le substrat sera forte) mais la capacité a s'en dissocier sera faible... et pour moi, ca embrouille un peu, mais ce serait bien ce dernier celui qu'elle nous a donné dans le cours, vu qu'elle a dit que les deux était liés.

[Fab117]

Salut !

Je suis d'accord avec skinii sur ce point la, dans la roneo il est dit " Elle lit le tableau et vous rapelle qu'un km élevé traduit une haute capacité, une faible affinité ( Et inversement) "

La tournure de cette phrase sous entend que Km et Mv sont dépendants non ?

Ou alors peut etre que les 2 sont indépendantes mais le fait qu'il y ait une forte affinité va empecher l'enzyme d'exprimer sa Vitesse de reaction au maximum ? je sais pas ???

[Alistair]

Slt !
Alors je vais vous donner 2 conseils avant de commencer l'explication :
- méfiez vous des phrases prononcées à l'oral rapidement... A l'oral, parfois on fait des raccourcis ou des imprécisions (volontaires ou pas). Il faut bien sûr apprendre ce que les profs disent mais il faut savoir distinguer ce qui relève de la vraie information de ce qui relève de l'abus de langage
- méfiez vous d'internet ! Non pas qu'on trouve bcp de choses fausses (en général les sites sont d'assez bonne qualité) mais le vocabulaire est parfois différent, la manière de présenter les choses est parfois différente... Si on n'est pas très à l'aise sur le sujet (comme c'est le cas en P2 normalement), on s'embrouille plus qu'autre chose !

Vm et Km sont des paramètres cinétiques indépendants l'un de l'autre !
Vm = K2 x [Et]
Km = (k-1 + k2)/k1 = ([El] x [S])/[ES]
Ex des inhibiteurs compétitifs : modifient le Km alors que la Vm est inchangée
Ex des inhibiteurs non compétitifs : modifient Vm alors que Km est inchangé

Affinité Km
Km dépend de k1 et de k-1 surtout puisque devant ces deux constantes, on néglige k2.
Km indique l'affinité de GLUT pour le Glucose, c'est à dire sa capacité à lier le Glucose. Mais attention au terme "capacité", nous (dans le cours) on utilise le terme "capacité" dans le sens de "capacité à transférer le glucose à travers la membrane" et non dans les sens "capacité à fixer le glucose = affinité ".
Si Km est petit, la capacité de GLUT à fixer le glucose sera forte (k1) et donc sa capacité à se détacher du glucose (à le renvoyer d'ou il vient) sera faible (k-1) ! On parle bien là de l'affinité ! Puisque l'on néglige k2, on peut considérer que le Km ne désigne que l'aptitude du complexe ES à se dissocier en E + S et non son aptitude à former du produit (E + P).
L'Affinité de GLUT désigne sa capacité à lier le Glucose :
- si Km grand, ça veut dire que k-1 est grand et k1 petit le Glucose se dissociera du GLUT très facilement sans entrer dans la cellule
- si Km petit, ça veut dire que k1 est grand et k-1 petit le Glucose se fixe facilement à GLUT et ne va pas s'en dissocier facilement pour retourner dans l'espace extra-cellulaire

Capacité Vm
Cette fois, on considère le complexe ES (Glucose/GLUT), on ignore k1 et k-1 et on ne s'intéresse qu'à k2 !
Peu importe la facilité avec laquelle s'est fixé le glucose sur GLUT, son transfert à l'intérieur des cellules dépend de k2 et la concentration totale en GLUT [Et] sur la membrane (Vm = k2 x [Et]).
Vm correspond à la capacité maximale qu'à GLUT pour faire passer du glucose dans les cellules : est-ce qu'il est capable de fonctionner très rapidement ? Ou est-ce qu'il fonctionne plutôt lentement ?

Bref, Km et Vm sont deux paramètres indépendants :
- l'un désigne la capacité de GLUT à se lier au glucose et, en miroir, sa capacité à le libérer SANS qu'il aie passé la membrane = AFFINITE
- l'autre désigne la capacité du complexe GLUT/Glucose à envoyer le glucose à l'intérieur de la cellule = CAPACITE

Après n'oubliez pas que la vitesse réelle de transport de glucose n'est pas Vm ni Km, c'est Vr... Et Vr = (VmxS)/(Km+S). Donc la vitesse observée de passage de glucose dans les cellules va dépendre à la voie de Km et de Vm !

Cela étant dit, on ne vous demandera jamais en QCM des choses sur la cinétique des récepteurs GLUT ! La seule chose à savoir est l'importance de leur affinité/capacité !
Mme. Hinault a prononcé cette phrase pcq, fatalité, dans le cas des GLUT, ceux ayant une forte affinité ont une faible capacité (Mais ce n'est pas automatique, il pourrait en exister avec une forte capacité et une forte affinité...).
Donc pour vous c'est pratique de retenir que les GLUT avec une forte capacité ont une faible affinité et vice-versa... C'est pour ça qu'elle vous dit ce "donc" qui n'a aucune réalité biochimique, c'est pour vous faire retenir plus facilement (et elle a raison) !

[Fab117]

PARFAIT

De 1 je comprend beaucoup mieux pourquoi c'est independant et de 2 ca repond a d'autres questions que je me posais mais vu que je veux pas saturer le forum je l'ai gardé pour plus tard ^^

MERCI !!