Coude béta

[Kick-Ass]

Salut.. J'ai plusieurs questions concernant ces fameux coudes béta, ainsi essayer de tout mettre au clair.

1) les coudes bétas sont considérés dans le cours comme des structures supra secondaires ( pas présente dans les feuillet alpha et beta), mais je ne sais pas s'il a vraiment fait la distinction entre 2ndaire et supra 2ndaires. Si au concours on a "le coude béta est il une structure secondaire" on met oui ou non ?

2) Il dit que pour stabiliser le coude en 1 et 4 il y aura souvent des AA ionisés qui stabilisent la liaison. Or dans le cours j'ai noté que l'AA 1 et 4 créent des liaisons hydrogènes. OR dans la structure secondaire par exemple dans les hélice alpha il note que très peu d'acide aminé ionisés car ils déstabilisent la liaison H.

En gros ca veut dire que les AA polaires peuvent créer des liaisons H en + de liaisons ioniques ? de + on mettrait donc une liaison H créee par les chaines latérales des AA ionisés, donc les chaines latérales pourraient rentrer en compte dans la stabilisation de la structure supra secondaire ?

C'est carément du chipotage j'avoue, mais ca me bloque depuis un petit moment ..

[Fat'Matt]

Salut.. J'ai plusieurs questions concernant ces fameux coudes béta, ainsi essayer de tout mettre au clair.

1) les coudes bétas sont considérés dans le cours comme des structures supra secondaires ( pas présente dans les feuillet alpha et beta), mais je ne sais pas s'il a vraiment fait la distinction entre 2ndaire et supra 2ndaires. Si au concours on a "le coude béta est il une structure secondaire" on met oui ou non ?

Salut, alors je pense qu'un coude n'est pas une structure super secondaire, dans son cours il fait plus référence à l'alternance feuillet-hélice-feuillet et hélice-feuillet-hélice concernant ces structures super-secondaires ! Je pense que tu peux considérer le coude béta comme un élément structurale secondaire qui intervient dans des structures super-secondaires

2) Il dit que pour stabiliser le coude en 1 et 4 il y aura souvent des AA ionisés qui stabilisent la liaison. Or dans le cours j'ai noté que l'AA 1 et 4 créent des liaisons hydrogènes. OR dans la structure secondaire par exemple dans les hélice alpha il note que très peu d'acide aminé ionisés car ils déstabilisent la liaison H.

Alors en effet dans les quatre acides aminés formant le coude béta, jamais d'aa apolaires, et l'AA 1 et l'AA4 sont ionisés et stabilisent la structure par une liaison hydrogène entre ces deux AA ! Dans l'hélice alpha, il dit seulement que les AA ionisés déstabilisent l'organisation de l'alpha hélice, car ils vont former des liaisons ioniques ou éléctrostatiques ! Mais il aborde pas que ça déstabilise la liaison H !

En gros ca veut dire que les AA polaires peuvent créer des liaisons H en + de liaisons ioniques ? de + on mettrait donc une liaison H créee par les chaines latérales des AA ionisés, donc les chaines latérales pourraient rentrer en compte dans la stabilisation de la structure supra secondaire ?

Oui ! Non on ne parle pas de chaînes latérales ici, les chaînes latérales on en rend compte uniquement dans la structure tertiaire, mais attends tout de même qu'un tut' passe par là pour confirmer !

C'est carément du chipotage j'avoue, mais ca me bloque depuis un petit moment ..

Bonne journée !

[Kick-Ass]

Salut, merci de m'avoir donné ton avis. Cependant pour la réponse 2nd/supra sup j'attendrais l'avis d'un tuteur vu que c vmt ambigu

Et pour les stabilisation par liaisons H j'avoue que j'ai du mal à comprendre..
-Soit comme dans les feuillets alpha et béta ce sont des liaisons créees par la chaine principale (entre NH et CO), dans ce cas la des acides aminés chargés pourraient le destabiliser (donc pourquoi pas d'apolaires dans les coudes?)
-Soit la liaison H est créee entre une chaine latérale de deux acides aminés polaires (corrige moi si je me trompe mais ca serait uniquement entre les acides et les basiques?) ce qui justifie la présence du fait qu'il n'y ait pas d'apolaires dans les coudes béta mais alors on créerait une liaison H entre 2 chaines latérales..

En gros c'est quoi l'interet de mettre des AA à chaine latérale polaire si on a pas d'intervention de la chaine latérale en structure 2 ?

[Fat'Matt]

Alors déjà pourquoi deux acides aminés à chaîne latérale ionisés préferentiellement comme AA1 et AA4 ? Tout simplement parce qu'ils vont stabiliser la molécule en fixant grace à leur fonction carboxylique ( par exemple, imaginons des Aspartates ), un cation Ca²⁺ qui stabilise le tout ! Voilà l'explication

Ensuite, j'ai pas compris toutes tes questions ahah, la liaison H est créée entre l'O du carbonyle et l'atome H du groupement amine qui ont tous deux une valence libre, mais c'est le carbonyle et le groupement amine de la chaîne principale ! On ne parle pas de latérale là !

[Nikoulas]

Salut.. J'ai plusieurs questions concernant ces fameux coudes béta, ainsi essayer de tout mettre au clair.

1) les coudes bétas sont considérés dans le cours comme des structures supra secondaires ( pas présente dans les feuillet alpha et beta), mais je ne sais pas s'il a vraiment fait la distinction entre 2ndaire et supra 2ndaires. Si au concours on a "le coude béta est il une structure secondaire" on met oui ou non ?

Salut, alors je pense qu'un coude n'est pas une structure super secondaire, dans son cours il fait plus référence à l'alternance feuillet-hélice-feuillet et hélice-feuillet-hélice concernant ces structures super-secondaires ! Je pense que tu peux considérer le coude béta comme un élément structurale secondaire qui intervient dans des structures super-secondaires
Je pense que "le coude béta est il une structure secondaire" serait vrai car cette année le professeur ne parle pas de formation supra-secondaire

2) Il dit que pour stabiliser le coude en 1 et 4 il y aura souvent des AA ionisés qui stabilisent la liaison. Or dans le cours j'ai noté que l'AA 1 et 4 créent des liaisons hydrogènes. OR dans la structure secondaire par exemple dans les hélice alpha il note que très peu d'acide aminé ionisés car ils déstabilisent la liaison H.

Alors en effet dans les quatre acides aminés formant le coude béta, jamais d'aa apolaires, et l'AA 1 et l'AA4 sont ionisés et stabilisent la structure par une liaison hydrogène entre ces deux AA ! Dans l'hélice alpha, il dit seulement que les AA ionisés déstabilisent l'organisation de l'alpha hélice, car ils vont former des liaisons ioniques ou éléctrostatiques ! Mais il aborde pas que ça déstabilise la liaison H !
D'accord avec Fat'Matt, les AA polaires ne déstabilisent pas les liaisons hydrogènes

En gros ca veut dire que les AA polaires peuvent créer des liaisons H en + de liaisons ioniques ? de + on mettrait donc une liaison H créee par les chaines latérales des AA ionisés, donc les chaines latérales pourraient rentrer en compte dans la stabilisation de la structure supra secondaire ?

Oui ! Non on ne parle pas de chaînes latérales ici, les chaînes latérales on en rend compte uniquement dans la structure tertiaire, mais attends tout de même qu'un tut' passe par là pour confirmer !
Il faut bien que tu comprennes que les liaisons hydrogènes se font entre le [-H] de [-NH] d'un AA et l'oxygène du carbonyle d'un autre. Mais le NH et le carbonyle font partie de la structure commune des AA, en aucun cas la chaîne latérale va jouer un rôle ici.

C'est carément du chipotage j'avoue, mais ca me bloque depuis un petit moment ..

Bonne journée !

Enfin, si les AA du coude béta ne sont pas des AA apolaires, je pense (car le prof ne vous dit pas pourquoi) que c'est parce que les coudes sont retrouvés à la surface de la protéine, donc au contact du cytosol, donc on ne vas pas placer d'AA apolaires (hydrophobes) au niveau d'un coude
Ok?

[Kick-Ass]

Ca me vas, thx =)

Simplement une dernière petite question (j'en profite) : les liaisons H dans la structure 3 peuvent se faire qu'entre une chaine latérale d'un AA acide et une chaine latérale d'un AA basique ?

[nicow]

Non ca c'est les liaisons ioniques

[Kick-Ass]

Effectivement une liaison ionique va se faire entre la chaine latérale d'un AA ionisé + et ionisé - (ca on est d'accord..) mais ca répond pas à ma question.

Edit : En fait j'ai du mal à m'imager ce qu'est une liaison H .. Si un gentil tut pouvait expliquer clairement la chose ^^

[Prisca]

Je crois que tu inverses ce sont les basiques qui acceptent les H+ et les acides qui les donnent. Je pense que ce sont les seuls a pouvoir le faire.
Voila moi aussi j'ai une petite question sur le coude béta le prof il a dit qu'on ne retrouvera jamais d'AA apolaires et pourtant juste avant il a dit qu'on trouvera toujours une Proline. Il me semble pourtant que la Proline est un AA apolaire du coup si on nous dit "on ne trouvera jamais d'AA apolaires dans un coude béta" est ce qu'on doit le compter comme vrai ?

[Elliot]

Je crois que tu inverses ce sont les basiques qui acceptent les H+ et les acides qui les donnent. Je pense que ce sont les seuls a pouvoir le faire.
Voila moi aussi j'ai une petite question sur le coude béta le prof il a dit qu'on ne retrouvera jamais d'AA apolaires et pourtant juste avant il a dit qu'on trouvera toujours une Proline. Il me semble pourtant que la Proline est un AA apolaire du coup si on nous dit "on ne trouvera jamais d'AA apolaires dans un coude béta" est ce qu'on doit le compter comme vrai ?

Coucou Prisca pour ton problème je pense tout simplement que lorsqu'il dit " jamais d'AA apolaire" il parle surtout pour l'AA 1 et l'AA 4 qui eux doivent être ionisés (donc surtout pas apolaires) puisqu'ils doivent faire une liaison hydrogène pour stabiliser le coude...
Comme le dit le tut' juste un peu plus haut : " Enfin, si les AA du coude béta ne sont pas des AA apolaires, je pense (car le prof ne vous dit pas pourquoi) que c'est parce que les coudes sont retrouvés à la surface de la protéine, donc au contact du cytosol, donc on ne vas pas placer d'AA apolaires (hydrophobes) au niveau d'un coude "
J'espère que ça t'as aidé

[Prisca]

ok merci

[Elliot]

Après la confirmation d'un tuteur serait la bienvenue

[Léa_]

Salut !

Je confirme ce qu'a dit Elliot, après on ne vous fera pas cet item parce que ça me paraît trop ambigu...

[Prisca]

d'accord merci