Séquençage haut débit

[Gauxmar]

Salut salut !

Y a un passage, Ronéo 3 p.3 tout en haut, que j'ai beau relire 10 fois, je suis toujours dans le flou :"au lieu de prendre une PCR de 200 pb et de séquencer uniquement ces 200 pb, on sépare toutes ces molécules et on les amplifie par PCR individuellement. Chacune des sphères sur lesquelles un fragment d'ADN a été amplifié va être séquencé".

Comment je l'ai interprété: Dans le séquençage haut débit, on a:
1) Fragmenté notre big molécule d'ADN en plein de petits morceaux d'à peu près 200 pb
2) Chaque morceau a été placé isolément sur un support (lame/bille/sphère selon la plateforme) et amplifié -> on obtient pour chaque fragment, un clone
3) On fait le séquençage du fragment d'ADN présent sur chacune des lames/billes/sphères
Donc pris isolément, pour 1 fragment d'ADN, on va utiliser la même méthode que la PCR classique (= PCR-RFLP), mais on l'appelle "séquençage haut débit" car on a plein de fragments d'ADN de 200pb gérés en même temps, et non pas 1 seul comme dans la PCR classique, c'est bien ça ?

Et j'ai aussi du mal à comprendre, dans l'exemple cité juste en dessous, pourquoi on sépare les sphères sur des petites puces, dans des puits... Ca sert à quoi de faire ça ?

Désolée pour la longueur du post, et merci d'avance

[om nom]

+1 pour suivre

[Parendar]

Salut,par rapport à la méthode,je pense que tu as compris (en tout cas je l'ai compris comme ça aussi).

Par rapport à l’intérêt d'individualiser les fragments d'ADN,je pense que le bénéfice réside dans la précision et le temps gagné.

Si je prends l'exemple de Life technologie:l'appareil mesure la variabilité de pH après chaque réaction car celle-ci libère un proton et en déduit la suite des nucléotides.
On imagine assez bien qu'il serait difficile de déterminer avec quel fragment la réaction c'est faite si on mettait 10 fragments différents dans le même puits d'autant que la réaction peut concerner plusieurs fragments.

Le séquençage serait très peu fiable dans ce cas.

Si ça peut t'aider tant mieux,bonne journée

[Gauxmar]

Merci beaucoup Parendar pour ton explication bien bien claire

Du coup, est-ce qu'on peut résumer ainsi:
plateforme/sphère/bille : pour AMPLIFIER chaque fragment d'ADN INDIVIDUELLEMENT
puits : pour SÉQUENCER chaque fragment d'ADN INDIVIDUELLEMENT ?

[Parendar]

Merci beaucoup Parendar pour ton explication bien bien claire

Du coup, est-ce qu'on peut résumer ainsi:
plateforme/sphère/bille : pour AMPLIFIER chaque fragment d'ADN INDIVIDUELLEMENT
puits : pour SÉQUENCER chaque fragment d'ADN INDIVIDUELLEMENT ?

Alors,d'après la ronéo,les billes sont placées individuellement dans les puits pour la méthode de Life Technologie.Du coup je ne pense pas qu'on différencie amplification et séquençage en fonction de la structure puits/bille.
Ceci dit ce n'est pas très important de savoir ça,donc ne te prends pas la tête.

[Gauxmar]

Ça marche, merci beaucoup

C'est vrai que ça ne parait pas essentiel, mais il fallait quand même que je règle ce petit blocage

Bonne journée