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par **Pinko Cerise** » 22 Aoû 2016, 19:13

Hello!!

Après avoir lu de nombreux post sur le sujet je comprends toujours pas trop le principe de l'immunoprécipitation...

J'ai bien compris qu'on cherchait à étudier les modifications des queues de histones, donc (je répète pas les étapes du début) on va ajouter des Ac pour séléctionner les séquences présentant au moins 1 histone avec la modification qui nous intéresse.

On en arrive à mon premier problème: je comprends pas trop ce qu'on cherche ensuite... On va chercher à étudier une séquence d'ADN particulière ayant la modif...?!?
Donc en gros on va encore sélectionner des séquences particulière parmi celle ayant la modification des histones qui nous interesse:
donc on passe de l'ADN réaction (input) -> ADN avec modifs histones -> ADN avec gène nous intéressant?

Et.... voila le deuxième problème 0_o

Je ne comprends pas les formules de Rc et Rip...
Qu'est ce q'uon considère comme étant" le fragment PCR" dans Rip et dans Rc?
Et la quantité d'ADN de la réaction est considérée du coup comme identique dans Rip et Rc ou c'est pas la même chose? Parce que si c'est identique Rc sera toujours supérieur à Rip...

Je vous explique ce que j'ai "compris": (xptdr trop lol j'ai ABSOLUMENT rien compris mais bon..)

Rip=q fragment de PCR (en gros l'ADN avec le gène nous interessant)/ q ADN réaction (l'ADN avec les modifs d'histones)

Rc= q fragment PCR (en gros l'ADN avec les modifs d'histones)/ q ADN réaction (ADN de départ input)

J'espère que mes questions sont compréhensibles en tout cas....
Merci a la personne qui viendra me sauver parce que c'est un tsunami dans ma tête la....

par **kinésine** » 30 Aoû 2016, 14:29

Bonjour Pinko Cerise,

En attendant qu'un tuteur se libère, je me permets d'apporter mon humble et imparfaite explication.

On cherche en effet à étudier les modifications des queues histones, on les a même identifiées précisément puisqu'on a trouvé un anticorps les reconnaissant spécifiquement. L'intérêt de la manoeuvre sera donc de corréler ou non ces modifications à l'activité transcriptionnelle d'un gêne.

Ici le fragment PCR semble être un type de gêne spécifiquement étudié parmi ceux sélectionnés par l'immunoprécipitation.
Sans trop m'avancer je suppose qu'il s'agit d'un dont on connait plus ou moins l'activité transcriptionnelle, puisqu'on cherche à la relier aux modifications.

D'où les formules :

Rip = Q _{fragment PCR} / Q _{ADN dans la réaction}
↪ Pourcentage de gêne spécifiquement étudié dans la quantité de gênes concernés par la modification d'histones (sélectionnés par l'immunoprécipitation)

Rc = Q _{fragment PCR} / Q _{ADN dans la réaction}
↪ Pourcentage du gêne spécifiquement étudié dans la quantité de gênes du début (sans aucun critère de sélection)

Mais le plus important reste ce rapport :

F = Rip / Rc

Tu comprends donc facilement que s'il y a bien un lien entre la modification histone et l'activité transcriptionnelle du gêne, Rip >>> Rc donc F >>> 1.
C'est bien ce que l'on appelle enrichissement : La proportion du gêne spécifique est plus grande que la normale dans la zone où il y a une modification.

Par exemple, le ChiP nous a permis de remarquer un enrichissement de H₃ acétylée dans les zones de gênes activés : Les gênes activés étaient proportionnellement plus présents dans les régions H₃ acétylées que dans n'importe quelles autres régions du génome : on a admis une corrélation.

En espérant que ça t'aidera, passe une excellente fin de journée. :giggle: