Ronéo 3 page 7

[Agathou]

salut !
j'ai un problème avec la Ronéo 3 page 7 tout en haut : il y a écrit que l'amorce de P1 s'hybride sur l'extrémité 5' du brin d'ADN mais il me semble que c'est l'extrémité 3' puisque la synthèse se fait en 5' du brin fils.

d'ailleurs a la page 4 il y est écrit que P1 est en 5' et A en 3' mais je comprends pas pourquoi on dit ça puisque l'ADN est double brin donc pour moi P1 est en 5' d'un brin et en 3' du brin complémentaire. et puis si on regarde le schéma avec l'ADN simple brin on voit que c'est l'inverse P1 en 3' et A en 5'

Merci d'avance

[louuu]

Hello !

Je vais te faire un récap, ça répondra sûrement mieux à ta réponse (essayes de te faire un schéma avec des couleurs, ça t'aidera sûrement !)
Tu cherches ici à amplifier ton ADN:
1ère étape : dénaturer ton ADN double brin (du coup il se retrouve simple brin à la fin de cette étape);
2ème étape : hybridation de l'amorce P1 en 3' du fragment qui nous intéresse (donc tu as raison c'est bien en 3');
3ème étape : élongation de 3' en 5';
4ème étape : dénaturation (l'ADN nouvellement synthétisé est rendu simple brin)
5ème étape : hybridation de l'amorce A biotynilée en 3' du brin nouvellement synthétisé;
6ème étape : élongation de 5' en 3' par la polymérase;
7ème étape : dénaturation (donc c'est le 2ème brin nouvellement synthétisé, c'est l'ADN nouvellement nouvellement synthétisé (si c'est pas claire oublis ma phrase);
8ème étape : hybridation du brin nouvellement synthétisé sur le primer de la sphère par complémentarité;
dernière étape : élongation

en image ça donne :

.

N'hésites pas à regarder les fiches et les diapos pour visualiser, et si tu bloques encore dis nous !

Bon courage pour les révisions !!

[Agathou]

Merci Beaucoup mais du coup il y a bien une erreur dans la Ronéo c'est une hybridation en 3' et non en 5' mais je comprends pas pourquoi tu as écrit élongation de 3 en 5'.

[michtocondrie]

+1 sur le dernier schéma le brin biotinylé ( le + bas) à A en 5' ( bleu clair) et P1 en 3' (vert ) non ?

[Scarlett]

+1 quand on dit P1 en 5' et A en 3' on parle de la où ils viennent se fixer (pour moi il se fixe tout les 2 en 3') ou là où ils sont à la fin des 6 étapes parce que du coup je suis d'accord avec michtocondrie ça serait l'inverse ?

[Nom_de_Zeus!]

Hey !

Déjà on s'en fout vous n'aurez jamais de question sur quelle extrémité concerne quelle amorce et à quel moment de la réaction la seule chose à retenir de tout ça c'est que le fragment amplifié ne peut s’hybrider à la sphère qu'à la fin point

Pour ce qui est du sens d'élongation et de l'extrémité à laquelle se fixe l'amorce tout dépend de quel brin on parle (matrice ou fils), je m'explique

L'amorce P1 s'hybride initialement à l'extrémité 3' du brin matrice mais correspond à l'extrémité 5' du futur brin fils qu'on va synthétiser (je pense que la ronéiste a fait un raccourci entre ces deux notions mais ça n'a pas vraiment d'importance étant donné qu'à chaque nouvelle synthèse la position des amorces se retrouve successivement en 3' et en 5' il y a une inversion entre la matrice et le brin fils du fait de leur complémentarité)

Ne partez pas du principe que P1 est en 3' et A en 5' car selon l'étape et le brin considérée ça peut très bien être l'inverse c'est pour ça qu'une question sur ça est trop ambiguë et que sans préciser de quel brin on parle précisément ça n'a aucun sens et aucun intérêt...

Sinon l'élongation se fait bien de 5' en 3' par rapport au brin fils et de 3' en 5' par rapport à la matrice, ce que ma co tut a voulu te dire c'est que du point de vue de la matrice P1 se fixe à son extrémité 3' et l'élongation se fera de 3' en 5' toujours par rapport à cette même matrice mais retenez pour ne pas vous tromper que l'élongation se fait de 5' en 3' (par convention le référentiel est le brin qu'on synthétise c'était juste pour vous donner une autre perspective mais apparemment ça vous embrouille)

Sinon oui les deux se fixent en 3' lors des étapes de synthèse mais quand on considère un seul brin figé à un instant t il y a forcément une des amorces (P1 ou A) en 3' et l'autre en 5' !

Si vous voulez à tout pris apprendre ça retenez la synthèse de la fiche sur cette partie mais c'est vraiment dénué d'intérêt

Après je ne suis pas dans la tête de la prof, mais elle a suffisamment insisté sur le fait que les détails de ce genre ne l'intéressent pas pour que je vous dise sans trop de risque que ça ne tombera pas il y a beaucoup plus intelligent à faire comme qcm et son but c'est pas de piéger pour piéger hein

[Agathou]

D'acc merci!