méthode des bols pr 3 pka

[lespiedsnusurlecarrelage]

bjr,
je n'arrive pas à appliquer la méthode des bols à un acide aminé possédant 3pKa
malgré les infos déja sur le forum ^^"
merci

[juju]

alors pour la méthode des bols pour les AA à chaine lat ionisable (donc pour C,Y,D,E,H,K et R) il y a 3 pKa donc 4 formes ionisées différentes de l'AA selon le pH.
pour faire la méthode des bols tu dois chercher les différentes formes ionisées et en déduire la charge globale (la somme des charges ) selon le pH pour chaque forme.
tu dessines un axe en fonction du pH (de pH=1 à pH=13 ou l'inverse) et place au dessus les différentes charges.
par ex pour le glutamate, il y a 3 pKa : pKa COOH=2 ; pKa NH2 = 9.5; pKa COOH(R)= 4.3
à pH=1, donc à pH < tous les pKa, l'AA est entierement protoné, il est chargé +1 (NH3+, COOH,COOH (R))
à pH>2 , la fonction carboxyle du radical commun perd son proton , il est chargé 0 (NH3+,COO-, COOH(R))
à pH>4.3, la fonction carboxyle de la chaine lat (R) perd son proton, il est chargé -1 (NH3+,COO-,COO-(R))
à pH>9.5, la fonction amine du radical commun perd son proton, il est chargé -2 (NH2,COO-,COO-(R))

donc si tu choisis de mettre ton axe de pH=1 à PH=13 tu places au dessus les charges dans l'ordre +1;0,-1,-2

en dessous,entre les charges,tu dessines des bols.sous ces bols tu places le PKA correspondant .les pKa allant dans le meme sens que le pH, tu les mets dans l'ordre croissant.sous le 1er bol, c'est 2; sous le 2eme:4.3 et sous le 3eme:9.5.
ensuite pour calculer le pHi tu fais la moyenne des 2 pKa qui sont sous les bols qui entourent la charge 0.

donc ici c'est pHi= (2+4.3)/2 = 3.15

Doc1.docx

(17.48 Kio) Téléchargé 783 fois

[lespiedsnusurlecarrelage]

merci bcp !

[Baka]

Et la lumière fut!

Merci bcp Justine pour ces explications

[pou²]

Salut! Moi j'arrive pas à trouver le Phi d'un peptides donc avec plusieurs AA -_-
Ds le CB au qcm 9 je comprend pas pourquoi on prend Ph=13 pour trouver après les charges...Et je vois pas non plus ocomment on trouve la charge globale de -3, bref je suis 1 peu dans le brouillard^^
Si quelqu'un pouvait m'éclairer , pasque la ça comence à etre un peu prise de tete!
Merci!:)

[$@m]

alors dans le qcm 9 tu as : NH3-K-I-N-D-E-R-COOH

Tu comptes le nombre d'AA à chaine lat ionisable, et donc le nombre de PKA et tu dessines auttant de bols que de PKA, ici, c'est 6, car on a les PKa de NH3, du K, D,E,R et cooh
ensuite, tu écris les pka dans l'ordre croissant sous les bols
puis, tu compte le nombres de groupements qui auront des charges + quand on ce place à PH acide
ici, on a le NH3, Ket R, on à donc une charge globale de +3 qd on est a PH acide,
puis tu fait comme a dit justine, tu ecrit +3, +2,+1,0,-1
le Phi est la somme des PKa autour du zero et tu obtient (4,3+9,6)/2=6,95
voila, pour mieux comprendre, aide toi du shema de justine

[pou²]

Ok merci j'ai tout compris, sauf une petite chose...comment on choisit les pka qu'il faut mettre sous les bols? ya ceux qu'on connait, mais ds la correction les pka sont pas tous ceux des chaines latérales...Oo alors bon :s ^^ comment ça se fait?

[Ludo.]

Salut,

tu associes les pKa qui te sont donnés dans l'exo avec les chaînes LAT que tu as identifiées. Mais attention de ne pas oublier les extrémités N et C-term du peptide !!

[pou²]

Et les extrémitées on est sensé les connaitre par coeur? c'est 9,6 et 2 c ça??par rapport a la correction du CB qcm 9 tjs...

[Naurore]

Puisque l'on a peu de temps pendant l'épreuve pour chaque question, peut-on éviter de faire la méthode des bols en se disant tout simplement que les AA à chaines latérales ionisables qui contiennent NH2 dans leur chaines latérales, ben on va ajouter leur deux pKA les + grands pour les diviser par 2 et pour les AA dont la chaine latérale ionisable comprend COOH, on va ajouter leur deux pKA les plus petits pour les diviser par deux ? Ou alors ça n'a rien à voir ?

[Ludo.]

En biochimie tu as du temps pour les QCMs, donc du temps pour faire la méthode des bols... Essayez de comprendre au lieu de trouver des raccourcis fumeux

[tite-ju]

jespère que quelquun va me trouver sur ce vieux sujet
je voulais juste savoir si quand on augmente le ph (si ON Part d'un pH très acide), le premier à être déprotoné est le COOH -> COO-??
MErci

[juju]

wi en generale la premiere fonction déprotonnée est celle de la fonction carboxyle du radical commun car c'est elle qui a le pKa le plus faible

[biloute]

alors dans le qcm 9 tu as : NH3-K-I-N-D-E-R-COOH

Tu comptes le nombre d'AA à chaine lat ionisable, et donc le nombre de PKA et tu dessines auttant de bols que de PKA, ici, c'est 6, car on a les PKa de NH3, du K, D,E,R et cooh
ensuite, tu écris les pka dans l'ordre croissant sous les bols
puis, tu compte le nombres de groupements qui auront des charges + quand on ce place à PH acide
ici, on a le NH3, Ket R, on à donc une charge globale de +3 qd on est a PH acide,
puis tu fait comme a dit justine, tu ecrit +3, +2,+1,0,-1
le Phi est la somme des PKa autour du zero et tu obtient (4,3+9,6)/2=6,95
voila, pour mieux comprendre, aide toi du shema de justine

je n'arrive pas a comprendre a partir " tu compte le nombre de groupements qui auront des charges +3...."
+3 signifie la somme de NH3 K et R et comment pouvons nous determiner cette charge ?? pourquoi est ce qu on ne compte pas D et E ???


mon probleme est ke je narrive pas a determiner le phi d un peptide.merci de bien vouloir me donner le mecanisme

[$@m]

pour faire simple, tu compte le nombre de groupement basiques, ici, NH3, K et R, parce qu'a ph acide, ces groupements vont etre chargé + et donc, là, la charge globale du peptide sera +3, tu ne compte pas D et E car ce sont des AA à chaine latérale acide, et donc, elle n'ont pas de charge a ph acide ! Compris

[mimy]

Bonsoir moi j'ai une petite question HS avec " KINDER" ^^

C'est à propos de l'histidine: a ph acide a t-elle une charge +?
Je m'explique: dans la ronéo j'ai l'impression qui ya un petit bug au niveau de son noyau ya marké -NH+- mais aussi -NH-
pourtant c'est censé être la meme chose... alors je me suis pe etre dit que c'était une faute...
Du coup je sais plus trop si au moment où l'on fait le phi de la protéine et si il y a un H comme AA si il faut le compter comme + ou 0?

Voila lol merci de merépondre

[mimy]

A pardon au cas ou c'est la ronéo 1 page 8 ^^

[biloute]

merci tuteur jai compris